盖吴率军进攻长安。拓跋焘调兵遣将围剿盖吴，连战连胜打掉一半的起义军。
盖吴率领残余逃入深山，一面招兵买马，一面派人向刘宋称臣求援。刘宋命令雍州和梁州的驻军向边境集结，声援盖吴。盖吴趁魏军注意力转移围剿放松之机东山再起。
拓跋焘发觉事态严重，立即从关外调兵增援关内。他一方面警戒刘宋，一方面抓紧围剿盖吴。盖吴被部下所杀。起义军最终被魏军剿灭。
刘宋当时也爆发民变。湖北地区的蛮人聚众造反牵制了宋军的兵力。刘宋失去一个联手盖吴拿下关中的机会。
拓跋焘亲自率军进剿盖吴。他去长安附近的一个庙里检查寄养在那里的战马。他的随从借用庙里的厕所，结果发现厕所里藏有很多兵器。他马上报告给了拓跋焘。
拓跋焘大怒。和尚哪里用得到兵器？这肯定是盖吴的人存在这里的。这里的和尚肯定跟盖吴通谋造反。他下令有关部门立案侦查，将庙里的和尚全部处决。在办案过程中，有关部门起获大量酿酒的工具、官员富豪寄存在这里的财物，甚至发现一个专门用来跟女人淫乐的密室。
拓跋焘对和尚表面一套背地一套的做法非常厌恶。崔浩趁机提出灭佛的建议。
崔浩在拓跋焘继位后得到重用和信任。拓跋焘在国家大事方面经常请教崔浩的意见。
崔浩主张灭佛。国人信这种外来宗教一点好处没有，“以为佛法虚诞，为世费害，宜悉除之”。
拓跋焘深以为然。
佛教在北魏时期日益兴盛。因为和尚享受免税免役待遇，所以很多人削尖脑袋往庙里钻。信佛的人越来越多。正常纳税服兵役的人越来越少。
拓跋焘发现税源兵源出现问题，“诏罢沙门年五十已下者”，勒令五十岁以下的和尚还俗。
拓跋焘灭北凉时发现三千僧人参与守城与魏军作战。破城之后，拓跋焘下令将三千僧人全部处死。多亏天师道的天师寇谦之为僧人求情，拓跋焘信道，尊重寇谦之，饶僧人不死。但他对僧人参与战争非常不满。
僧人好装神弄鬼，声称自己通鬼神有法术，“能使鬼治病，且有秘术”，并且喜欢编造谶语，制造舆论。盖吴起事时就有民间流传谶语“灭魏者吴”，以至于大家都相信盖吴能成功，纷纷加入盖吴的队伍。拓跋焘怀疑这个谶语是僧人编造。如今在寺院发现兵器，拓跋焘更加相信僧人与盖吴勾结。
总之，拓跋焘认为佛教是北魏江山稳定的隐患，决定铲除祸根。
崔浩建议“悉诛天下沙门，毁诸经像”。
拓跋焘批准，下诏禁止信仰“胡神”（外来宗教，即佛教）及建造胡神的泥像铜像，违令者斩；胡教的经书、神像一律销毁；“沙门无少长悉坑之”。谁敢藏匿僧人，满门抄斩。
拓跋焘“先尽诛长安沙门，焚毁经像”。太子拓跋晃留守京城。他接到灭佛诏书后没有立即执行而是上书反对。因为他信佛。但他上书三次都被驳回，不敢抗旨不尊，只得传达灭佛令。但这么一耽误，很多僧人得到消息都跑进深山避难，或隐姓埋名藏入民间。
拓跋焘史称北魏太武帝。因此拓跋焘灭佛又被称为“太武灭佛”。
这是史上第一次灭佛行动，也是最惨烈的一次。“一境之内，无复沙门”。
佛家痛恨拓跋焘，更痛恨崔浩，认为灭佛完全是崔浩挑唆所至。崔浩后来被拓跋焘处死，佛家幸灾乐祸，称之为报应。其实崔浩被杀跟灭佛没一点关系。他是因为晚年修国史，据实记载北魏的黑历史，被鲜卑贵族告到拓跋焘那里。拓跋焘认为他有意丑化北魏的列祖列宗，下令将其处死。
南朝的刘宋没有灭佛，但对佛教的发展多加限制。佛教搞偶像崇拜，到处建造佛像、佛塔、寺庙，极尽奢华，耗费巨大，对社会的人力、物力、财力造成巨大浪费。有大臣要求限制无节制地建造佛像塔寺。“自今欲铸铜像及造塔寺者……须报乃得为之。”谁再搞这些东西必须上报官府批准后才能动工。刘义隆下旨要求各地遵照执行。
拓跋焘平定盖吴之乱后继续讨伐柔然。他亲自率军远征柔然，虽然未能将柔然彻底歼灭，但让柔然逃抛弃牛羊辎重远遁也基本达到远征的目的。“自是柔然衰弱，屏迹不敢犯魏塞”。北魏基本没有了后顾之忧。