朝廷也顾不得祖大寿了，不但把增援东北的兵改派登莱，还调来了东北的边防军。
东北军的领队叫吴襄。说起吴襄，知道的人恐怕不多。但说起他儿子吴三桂，不知道的人恐怕不多。吴襄是祖大寿的部下，在救援大凌河作战中临阵脱逃被免职。这回是戴罪立功。他的儿子吴三桂随父出征。
吴襄外战外行，内战内行，一通猛攻就击溃了孔有德。孔有德逃回登州，伙同耿仲明率领残余部队和家眷从海上逃走，投降了皇太极。
孔有德的到来让皇太极得到20门红衣大炮。更重要是，孔有德给后金带来了技术精湛的工匠和经验丰富的炮手。后金军工生产的技术水平和火器部队的训练水平因此得到快速提升，后来跟明朝不相上下。
不久，毛文龙的旧将尚可喜也投降了后金。他给皇太极带来了万余人的军民和一支舰队。
皇太极依靠三位叛军的帮助不但有了自己的火器营还有了自己的水军。皇太极把他们都封为王作为酬谢。
皇太极派孔有德、耿仲明、尚可喜跟随金军将领鳌拜去攻打皮岛，一举拔掉皮岛这颗钉子。后金从此再无后顾之忧。
再说明朝这边，朝廷在围剿登州叛军的同时调兵遣将去平定聚集山西的陕西农民军。
鉴于陕西已经基本平定，崇祯把洪承畴手下大将曹文诏调去山西剿匪。曹文诏进了山西跟黄鼠狼进了鸡窝一样。“三十六营”农民军马上炸了窝，四散奔逃。
陕西有洪承畴不能去，山西有曹文诏不能待，他们跑到了河北。
崇祯调兵将农民军围在了河北。农民军节节败退。官军步步紧逼。农民军以诈降为缓兵之计。官军的太监监军下令停止进攻，等他请示朝廷。这时黄河结冰，农民军趁官军防守松懈踏冰过河，跳出官军的包围圈，跑到河南。官军只得再向河南集结。农民军发现聚在一起目标太大，容易让官军包圆，于是分成几股往湖广、四川逃跑。
高迎祥、李自成在官军的围追堵截下跑到汉中，被官兵堵进了一个叫车箱峡的地方。车厢峡顾名思义就知道是个什么样的地方。农民军出不去了。官军堵住峡口打算饿死农民军。农民军再施诈降计，以用珠宝贿赂官军将领陈奇瑜，请求投降。陈奇瑜接受了贿赂也接受了他们投降的请求，派人押送他们返乡。结果他们走出险地之后杀了看守再次反叛。高迎祥、李自成带着这支劫后余生的部队翻过终南山逃入河南。
湖北、四川、河南、陕西、山西到处都有农民军的身影。农民军各省游走。用句时髦话说，走到哪里就把革命的火种带到哪里。明末天灾人祸，官僚腐败，苛捐杂税，民不聊生。百姓纷纷响应农民军。农民军越来越壮大。
五省都起烽烟。崇祯任命洪承畴为五省总督，协调各地兵力剿匪。
五省官军联动，农民军的日子不好过了。农民军发现分散活动的确容易脱身，但是一旦被人抓住无力反抗，还是聚在一起实力强些。各路农民军相约在河南会师。
农民军会聚河南后再次召开盟会。现在农民军壮大了，已经增长到三十万人，分为“十三家七十二营”。原来的盟主战死，大家推举高迎祥为新一任盟主。
高迎祥率领农民军打到安徽的凤阳，挖了朱元璋他们家的祖坟。
崇祯气疯了，把拱卫京师的精锐“天雄军”调过去协助剿匪。为了尽快剿灭农民军，崇祯不惜抽调东北和京师的兵力。
官军把高迎祥作为首要目标，死追高迎祥不放，终于把高迎祥击败活捉。高迎祥被押解到京师后凌迟处死。他的残部投奔了李自成。李自成此后开始自称闯王。
高迎祥一死，农民军联盟就算被瓦解了。这对农民军的士气是一个沉重的打击。
高迎祥死后，农民军中实力最强的要数李自成和张献忠。于是他们俩又成了官军追击的新目标。
一通死缠烂打之后，张献忠战败投降。李自成的队伍被打散。李自成侥幸逃脱，逃入陕南商洛山中，身边只剩下17骑跟随。其他各路农民军也降的降，亡的亡。各地战火逐渐平息。