熊廷弼将大胜堡惨案的前因后果调查清楚后上书万历弹劾杜松。万历仅仅是将杜松免职而已。
此时明朝军政都已败坏。但万历沉溺后宫，朝廷百官沉溺党争，君臣都无心打理朝政。明朝政局日益混乱，到了无法收拾的地步。
各地旱涝地震不断，大臣以天降异象进谏万历励精图治。万历对灾祸频发已经麻木了，置若罔闻。
北京内城的正阳门箭楼发生不明原因的火灾。大火烧了一天一夜，把箭楼完全烧毁。
大臣进谏万历：当年天火烧了皇宫正殿不见皇上警醒，于是再烧皇城正门希望引起皇上重视。如果皇上锐意进取，勤于政事，信饬百官，关爱百姓，局面尚可挽回。否则，社稷危矣。
万历竟然还是不理，油盐不进，执意把怠政进行到底。
郑贵妃的儿子朱常洵被封为福王。按规矩，皇子一旦受封就应该去封国就任，古称就藩。但郑贵妃舍不得儿子，想让儿子留在身边。万历宠爱郑贵妃，允许朱常洵常住京城。
群臣不干了，认为这样做有违祖制。既然福王被封洛阳就应该住到洛阳的王府去，不能一直赖在京城不走。群臣不断上书催促福王就藩。
万历对这帮大臣烦透了，不理他们。
群臣一直闹，不达目的誓不罢休。
太后出来说话，万历才不得不让朱常洵去洛阳就藩。临走时，万历倾囊而出，把矿监税使历年进献的奇珍异宝都交给朱常洵带走。就这还嫌不足，万历又把宦官搜刮来的、抄张居正家抄来的金银财宝也都给了朱常洵。民间传言万历“耗天下以肥王”。
经过这一轮轮交锋，万历对群臣又恨又怕又无奈，更是不愿上朝。你们爱怎么折腾怎么折腾吧，我不管了。他以怠政报复群臣。
万历撒手不管，工作没法正常进行，朝廷几乎陷入瘫痪。
如果员工消极怠工，老板可以辞退员工。老板消极怠工，员工不能辞退老板。受理学影响严重的大臣们也不会轻易动废君另立的念头。
大臣们请万历上朝主持朝政。万历说去不了，身体不适。大臣们请他主持祭祀典礼。万历说体力不济，走不动。大臣们说奏章你总得批吧？万历说精神不济，看不过来。大臣们问他到底是什么病怎么严重？万历说肝火旺盛。言外之意，让你们气得。
明朝是集权最严重的朝代，一切权力归于皇帝。皇帝不点头什么事都干不成。万历怠政使整个国家机器无法正常运转。火车跑得快，全凭车头带。车头要熄火，整列都歇菜。
万历后20年不理朝政使得户部不能正常筹措、发放粮饷，工部不能正常制造Q械，吏部不能正常任免官员，兵部不能正常招募、训练军队……
整个朝廷全乱套了。
从中央的三院六部二衙门到地方的州府县，各部门主事的缺员过半。职位出现空缺不能及时补充，出现一人兼数职，一人掌数印现象。
大臣急得火上房似的，拼命往宫里递告急折子。但他们的折子进了宫就像石沉大海一样没有了声息。有时大臣怀疑皇帝已经归天了，可是偶尔蹦出来一星半点的批复好像在告诉大家：人在呢！人在呢！
在朱庚之后，万历又任命李廷机为首辅。
李廷机入阁一看，中央九部只有31位官员，缺员24人。一个人要兼两个人的活。有的部门一个上班的都没有，连大印都不知道扔哪去了。
李廷机请求万历赶紧把吏部任命官员的折子批了吧。万历没有回音。
李廷机给万历上的奏折，十份批不了一份。李廷机越干越窝火，申请辞职。
他为了显示自己必走的决心，把老婆孩子打发回老家，把京城的住房捐了，卷铺盖住进庙里等着。他给皇帝上辞职报告。没音。再上。还没音。一直上。一直没音。他五年时间写了一百多份辞职报告。皇帝音信皆无。他辞职没辞成，倒落下个“庙祝阁老”的外号。
李廷机实在忍无可忍，挂冠而走，不辞而别。这本是杀头的罪名。万历竟然也没追究，可能是懒得追究，也可能自觉理亏。
朝廷乱成一团。国家乱成一团。万历就是龟缩后宫，不闻不问。
万历龟缩皇宫的第26年，也就是1615年，出来和群臣见了一次面。因为宫中爆出“廷击案”引起民间宫廷政变的猜想，万历不得不亲自出来澄清。
“廷击案”是明末三大案之一，说的是有人手持木棍闯入太Z宫中乱打被警卫当场擒获。
对于此案的定性群臣看法不一。一些人认为这只是一起精神病闹事的简单刑事案件，不值得大惊小怪。但更多的人认为事情并不那么简单，此人背后一定有“黑手”。这家伙恐怕是受人指使前去行刺的。那么“黑手”是谁呢？大家都怀疑是郑贵妃，一定是她想杀死太子让自己的儿子取而代之。
这话传进宫里，郑贵妃听到后跑到万历那里哭诉。万历让她去太子那里当面把这事解释开，自己代她去跟大臣说。
为了平息谣言，20多年没上朝的万历破天荒地露了一次面，召开了一个新闻发布会。很多大臣都是第一次见到老板的真容，激动得浑身哆嗦。万历简单说了几句话后起身离去，此后至死再没露过面。