1603年——1615年??因万历怠政，朝廷运作几近瘫痪。
1603年，全国各地相继发生水灾，田舍俱没，死伤无数。万历对此无动于衷。
凤阳巡抚愤而上书：洪水滔天，饥民蜂起。陛下以内府匮乏为由拒绝赈灾，相反继续征收赋税。我预感祸乱不远了。奏折送进宫如泥牛入海。
吏部上书万历，官员职缺严重，例如“天下郡守缺几十之五”，知府缺少几乎一半，已经严重影响政府运转，急需补选新的官员。奏折上去，一直没有任何回复。
后来吏部上书汇报官员考核结果，建议罢免不称职者、年老多病者、贪酷成性者、品行不端者官员若干名。万历依旧不予答复。
1604年，京城连降大雨，两月不停。城墙都泡塌了一大截。民房更是损坏无数。更让朝野震惊的是，雷把明成祖陵墓的明楼（建造在方台之上放碑的楼阁）给劈了。
随后，福建发生八级大地震，山崩地裂，房倒屋塌。地震波及浙江、江西、广东等地。
天降异象被认为是老天爷对天子的警示。作为皇帝照例要下诏求言，让大家批评指正自己的过失。
万历倒是下旨了，让大家畅所欲言，说说我哪做的不对了。
大家的问题集中在矿监税使和万历怠政上面。但是折子递上去后又如泥牛入海。万历依旧没有回应。
内阁的三位阁老商量：按正常程序上书没有效果。皇帝不看给你留中了，你也没辙。咱们集体去宫门跪交奏疏，请求皇帝接见。
当时的首辅是沈一贯。沈一贯率内阁大臣冒着大雨跪到宫门请愿，请求万历接见内阁，面呈奏疏。他们跪了一天也不见皇帝出来。最后出来一个太监，告诉他们皇上说了：回去好好工作，不要搞沽名钓誉那一套。阁老们绝望了。
沈一贯申请退休。另一位阁老跟沈一贯同进退，也申请退休。内阁只剩下一位叫朱庚的阁老。万历任命朱庚为首辅。
朱庚哭笑不得。我入阁三年连皇帝的面都没见过。一纸诏书我成了首辅。内阁只有我一人。我这个首辅领导谁去？
朱庚上书请求增加内阁大学士。万历没有回音。朱庚以年老体衰申请退休。不准。最后朱庚累死在工作岗位上。
第二年，海南又发生级地震。震中地区陆陷成海。随后北京也发生地震。
大臣沈鲤进谏要求停止开矿，称矿监四处开矿损伤了龙脉，将危及万历身体。
沈鲤从这个角度进谏打动了万历。万历下令停止开矿。
实际上，万历派出去的宦官矿监早就不开矿了。开矿是个技术活，宦官哪有那本事。有溜须逢迎之辈说哪有矿，宦官就要求地方政府出人出力去开矿，常常是浪费了大量人力物力一无所获或者得不偿失。宦官为了完成任务，放弃开矿改收矿税，不管有没有矿他都要收税。开矿成了加税的借口。加收的这些税金都进了万历的内帑（皇帝私人小金库）。万历的内帑一共捞了多少钱无人知晓，只知道万历死后留下没花完的钱有三千万两白银。
国家财政入不敷出，万历的内帑钱多得花不完。
1608年，户部报告万历，辽东欠饷14万，蓟州50万，宣府20万。“欲救燃眉以保重地舍借内帑”，希望借内帑应急。万历不理。
辽东总兵李成梁以孤堡难守为由撤掉辽东六堡，放弃了八百里疆土。
辽东六堡是明朝东北边境的前哨堡垒，东防朝鲜，西防女真，北防兀良哈，战略位置非常重要。
但是要守住六堡需要有足够军队和粮饷。辽东明军在朝鲜战争以后没有得到足够的兵员补充，粮饷也不能保证足额、按时发放。李成梁为了节约成本，撤回军队和百姓，废弃六堡。女真人迅速填补真空，占领了六堡，白捡了八百里土地。
前哨重镇说废就废，八百里疆土说扔就扔，李成梁的做法让朝廷震惊、震怒。大臣纷纷弹劾李成梁“弃地”“啖（喂）虏”，要求处死李成梁。
万历让辽东巡按熊廷弼去调查此事。
熊廷弼回奏：“谓之献地，不止弃地；谓之通虏，不止啖虏”。李成梁不是弃地而是把土地送给女真，不是啖虏而是私通女真。熊廷弼认为李成梁“挟寇自大”，意图巩固自己在辽东的权势。
万历念在李成梁“镇辽年久有功”的份上，让李成梁体面退休。
万历任命将军杜松接替李成梁镇守辽东。
同年年底，蒙古兀良哈所属朵颜部落进犯蓟州。兵部请求朝廷筹措军费应战。户部没钱，请求借用万历的内帑。万历不许，让户部挪用太仆寺（负责管理车马的机构）购马款。兵部拿到钱后征调辽东军队夹击朵颜。朵颜得到风声，在蓟州劫掠一番后离去。
杜松率领辽东部队去抄朵颜的后路。他不敢碰朵颜，袭击早已归顺明朝的蒙古拱兔部落，谎报战功。
拱兔没有参与朵颜进犯，平白无故遭受袭击，怀恨在心，伺机报复。
第二年，拱兔聚众叛乱，出兵袭击辽东。明军迎战被击溃，损兵折将。拱兔攻破锦州要塞大胜堡（辽宁锦州凌海市温滴楼镇大胜堡村）以屠城泄愤。杜松畏战，不敢出援。