开始时可能是因为生病，需要卧床休息。后来发现在家挺好，耳根清净，所以病好了也不愿去上朝。他厌倦了处理不完的朝政，厌倦了朝廷无休止的争论。惹不起，咱躲得起。他不愿见群臣，只图个耳根清净。群臣上奏折，他爱看看，不爱看不看。
在众多奏折中，群臣说的最多的还是立太子的事。您既然说自己身体不好，那立太子的事更得抓紧了。群臣纷纷催促皇上赶紧宣布皇长子为太子。
万历又气又烦。你们想立太子，我就不立。爱咋咋地。
万历看到立太子的奏章就扔到一边，也不批示也不退还，用那时的术语就是“留中“了，实际上就是扔废纸篓了。后来不光是立太子的奏章，其他奏章也是十不批一。
群臣议论纷纷，皇上这是不是闹罢工呢。可听说过员工闹罢工的，没听说过老板闹罢工的。
有个家伙调中央一年多了，没见过皇上，忍不住上书万历，说：你托病不出，大家都怀疑你是装病偷懒。不过依我看你是真有病，并且还病得不轻。你的病，我的诊断是“酒色财气”。第一是嗜酒，每夕必饮，每饮必醉。第二是好色，不但好女色还好男色。第三是贪财，派出矿监、税监到各地搜括，一意敛财。第四是易怒，脾气大，影响了工作情绪。
万历看到这个奏章，气坏了，把内阁叫来将这个人辞退。他说这家伙想学海瑞骂皇帝搏出位，我先让他学学海瑞罢官。他跟人诉苦：我是真有病，心肝肺包括这一套下水全有毛病。医生正在为我调理。
内阁知道万历的病根在立太子的事，为打破僵局开始软化立场，告诫群臣有事说事，不要言辞过于激烈。首辅申时行规定，各部门上奏折只准说本部门的事，不要牵扯其他。并且，各部门的奏章不能直接送进宫中，要先经部门主管和内阁过目。
这下捅了马蜂窝，群臣开始把矛头对准内阁。朝外的儒生把坚持原则的大臣归于“清流”，把倾向于妥协的归于“浊流”。朝廷清浊两派开始互相对抗。跟当年的“大礼仪”之争一样，朝廷又陷入无聊的内斗。
申时行暗中倒向万历，支持他废长立幼的想法。不想他的奏折被群臣发现，申时行遭到群起而攻之。申时行实在干不下去了，只好申请退休。
一些大臣联名上书万历要求确认皇长子的太子之位。万历大怒，下令把他们全撵出朝廷。新任首辅王家屏抗旨不尊。万历将他一并赶走。
万历发话，你们要能保证不再吵吵，我明年就立太子。否则的话，我等皇长子15岁以后再说。
群臣信以为真，赶紧闭嘴，不敢再以立储一事烦他。
国本之争告一段落。
朝廷内斗不休，皇帝消极怠政，国家开始多事。
国家财政在万历初期是盈余，在万历亲政后开始转为赤字。户部请求万历尽量节俭一些，停止不必要的工程，裁减臃肿的锦衣卫和皇宫雇佣的数以万计的工匠。万历不肯，要求加派赋税并派人组织开矿。
赋税劳役越来越重，贪官污吏越来越多，政府赈灾济贫有心无力，军队粮饷不能及时足额发放，民变、兵变开始增多，同时外患也开始增多。
明朝最大的外患是北部的鞑靼人。鞑靼人自从通贡以来一直跟明朝保持着友好关系。俺答汗死后，三娘子掌权。三娘子就是前面提到的俺答汗横刀夺爱抢来的媳妇。她在俺答汗死后成为鞑靼的实际当家人。她当权二十年，一直跟明朝保持友好。
东北蒙古人时常犯边。所幸辽东总兵李成梁非常能打，将来犯之敌一一击退。
李成梁是跟戚继光同时代的名将，虽然名气没有戚继光大，但战功丝毫不亚于戚继光。李成梁镇守辽东期间，蒙古人始终不能雷池一步。戚继光镇守蓟州一直没什么仗打，正是因为李成梁顶在前面。
西北蒙古人也时常犯边。西北明军就差点事，屡战屡败，只能放任蒙古人抢掠边区。
南部边境也不再安生。缅甸人开始尝试入侵云南，但被明军击退。
1592年，宁夏爆发大规模兵变。叛兵跟西北蒙古人勾结在一起向明朝发起攻击。
宁夏副总兵哱拜是蒙古降将。他跟宁夏巡抚不合，起兵叛乱，占领了宁夏镇（宁夏银川）。叛兵联合西北蒙古人进攻灵州。朝廷急调辽东的李如松率军增援。
李如松是李成梁的儿子。将门出虎子，李如松也是一员能征惯战的名将。
李如松带兵过去，把哱拜打得稀里哗啦。李如松攻破叛军的老巢宁夏镇，把哱拜堵在家里。哱拜见大势已去，全家自尽。
宁夏之役以明军获胜而告终。