朱翊钧是隆庆的第三个儿子。因为老大、老二死的早，朱翊钧被立为太子。当时朱翊钧只有十岁。
高拱等人流着泪接旨。
隆庆把高拱叫到跟前，拉着他的手说“以天下累先生”。我这就把天下托付给你了。
隆庆死后，太子朱翊钧继位，史称明神宗，又名万历皇帝。
在登基典礼上，太监冯保一直站在万历的御座旁。文武百官见状惊讶不已。
冯保宣读隆庆遗旨，称先帝驾崩前对太子说：我死后，这个皇帝你来做。有事跟内阁和司礼监商量。也就是说，冯保也成了先帝指定的辅政大臣之一。
高拱闻听大怒：明明先帝亲口说的让我等辅政，何时又冒出一个司礼监？但当着万历皇帝的面，他又不敢公开质疑。
散朝后，高拱对人讲：这真是先帝遗诏吗？这个遗诏是谁写的？如果让我查出是宦官伪造遗旨，我一定把宦官全都撵出去！
他传话下去，凡事启奏皇帝或宫中传出什么旨意，必须通过内阁。“白老臣（高拱自指）折衷之”，也就是先经过我的审查。同时他上书万历要求修改工作程序，防止司礼监扣押奏折或代皇帝批复。
高拱的奏折交到宫中。万历那时才十岁，哪懂朝政，交冯保处理。冯保代皇帝回复：照旧制行。也就是驳回了高拱要求修改程序的请求。
高拱大怒：安有十岁天子而能自裁？这句话意思是：哪有十岁天子能够独立裁决的？言外之意，这根本不是皇帝的意思，是你冯保的意思。
冯保立即把高拱的话去向万历汇报。不过他将高拱的话稍加改动。他对万历说：高拱扬言“十岁儿安能决事”。十岁小孩怎么能裁决政事呢？言外之意，一个娃娃怎么能当皇帝呢？
高拱攻击的是冯保，冯保却巧妙地将高拱的矛头转移到皇帝身上。冯保把这事的前因后果都解释成高拱对皇帝的非议。
万历大怒，去找太后告状。
太后一听，高拱这是想干什么？要造反啊？质疑先帝遗旨不就是质疑新君继位的合法性吗？不让皇帝裁决政事不就是想独揽大权吗？
太后下旨，晓瑜群臣：当时先帝病榻托孤我在跟前。先帝亲口说把皇位转给太子，嘱咐在场的人辅佐太子。高拱“揽权善政”，“蔑视幼主”。决定将削职为民，即刻返乡，不准停留。
高拱当天就被撵出京城。
不久，另一个辅政大臣高仪病死。内阁只剩下张居正一人。张居正不是首辅也相当于首辅，开始统揽朝政。
不过朝政也并非张居正一人说了算。宫内还有一个内廷。内廷是冯保说了算。
内廷就是指司礼监。
司礼监本职工作是皇帝的贴身秘书，负责传递奏折，记录皇帝的批示，代管玉玺，传达旨意等。负责盖印的叫掌印太监。负责记录的叫秉笔太监。掌印太监比秉笔太监地位高，相当于司礼监的头儿，或者叫秘书长。
外面的奏章送上来，一般情况下先让内阁过目。内阁拿出参考意见，写个条子附在奏章后面，这个就是前面提到的票拟。奏章和票拟送进内宫。皇帝看过奏章和票拟说“准奏”，秉笔太监马上用红笔把内阁的票拟抄到奏章上作为皇帝的批示。然后掌印太监审核后盖上玉玺发回去。
如果皇帝不同意票拟会跟司礼监的太监讨论，或者把内阁叫来讨论。但有的皇帝懒惰或者宠信太监，只跟太监讨论甚至干脆让太监代他批阅奏章。准不准、盖不盖章都是司礼监的太监说了算。这样司礼监也有了跟内阁一样参与国事的权力。司礼监也就被称为内廷。掌印太监成了内廷首辅。
皇帝越依赖内廷，越宠信宦官，内廷的权力就越大。内阁的权力相对就变小，甚至成了摆设。
武宗时期，掌印太监刘瑾被人叫做“站皇帝”，武宗被叫做“坐皇帝”。在群臣眼里，俩人都是皇帝、都是爷。凡事刘瑾说了算。内阁实际上就是个摆设。
武宗死后，杨廷和假传遗旨清洗宦官势力，杀的杀、关的关、撤的撤。一时间宦官老实了很多，从此把尾巴夹起来低调做人做事。内廷也不复存在。
嘉靖迷恋道家不理朝政，宦官势力又开始抬头。有个老太监给小太监讲古，说嘉靖前期我们见了内阁首辅得拱手致意、低眉顺眼；中期的时候就敢平视了，也不作揖了；到了后期（也就是严嵩当政时期），内阁首辅见了我们开始打拱了。这说明内廷的地位在嘉靖时期开始逐步回升，最后超过了内阁。
隆庆沉溺酒色，宠幸太监，但在朝政上面主要还是倚重内阁。宦官攒足资本开始乱政的时候，隆庆及时死了。所以，隆庆朝的宦官问题不算严重。
但是到了万历朝，情况发生了改变。宦官起手就获得了朝政控制权。冯保矫诏成为辅政大臣。
《明史》明确说冯保拿出的那份遗诏是假的。但是也有一种说法，隆庆死前交代万历，内事问冯保、外事问高拱。也就是说隆庆让冯保负责宫内的事，让高拱负责朝廷上的事。冯保起草遗诏时隐瞒了这个情节。
但是不管遗诏是不是真的，它得到了太后和万历的认可。太后和万历信任宦官，希望借助遗诏让司礼监制约内阁。
在万历朝，内廷跟内阁地位是平等的。司礼监跟首辅是平级的。冯保被称为内相。张居正被称为外相。两个宰相共同执政。
冯保跟张居正关系挺好。冯保贪财不贪权。张居正贪权不贪财。两人没有冲突，相处得非常好。朝中的政事基本是张居正说了算。冯保并不干涉。
太后跟万历也非常信任张居正，视张居正为忠臣，愿意做他的后盾。张居正因此敢于在朝廷放手大干。张居正的各项改革也因此得以实行。