齐郡（山东济南）郡丞（郡太守的辅官）张须陀是军人出身，有勇有谋。他率军追剿王薄，屡战屡胜。王薄数万人的队伍很快就打光了。
但是隋炀帝横征暴敛不息，百姓的反抗就不会停止。王薄很快又拉起一支十几万人的队伍。
王薄率军围攻章丘（山东济南章丘区）。张须陀率军两万救援，一战便击溃王薄。混战中，张须陀和数名卫兵被王薄的两万部队包围。张须陀死战不降，身上多处受伤仍奋战不已。章丘城内守军出城救援，赶走农民军，救下张须陀。
王薄转战北海（山东潍坊青州市）。张须陀率军追杀，再败王薄，斩杀数万人。
隋炀帝亲自下令嘉奖。
但是王薄虽然再次遭受重创，但很快又恢复了元气。
其他地方的变民也是这样，扑灭了明火，灰烬还在，很快又死灰复燃。
余杭（浙江杭州）人刘元进起兵响应杨玄感，拥兵十万，自称天子。刘元进占据三吴。官军多次围剿都不能取胜。
隋炀帝调集江淮地区的部队数万人，交给江都丞王世充，让他率军去打刘元进。
王世充率军渡江进攻刘元进。刘元进的士兵拿着茅草，就风放火，打算火烧官军连营。王世充望见火起，魂飞魄散，准备下令撤退。就在这时，风向一转，火向刘元进的阵营烧去。王世充大喜，下令进攻。官军借着火势攻破刘元进阵营。刘元进的军队死伤大半，四散奔逃。
刘元进元气大伤一蹶不振，此后连战连败，最终战败被杀。
刘元进的部下打算带领残余军队下海当海盗去。王世充担心叛军下海再剿就困难了，与降兵在佛像前起誓，只要叛军投降，一律不杀。降兵把这个消息散出去。一个月内，叛军基本都投降了王世充。
王世充突然变脸，下令将降兵全部坑杀。于是，三万多降兵被推入黄亭涧（江苏苏州黄山下）活埋。尸体把数里长、数丈深的山沟填满了。
“由是余党复相聚为盗，官军不能讨，以至隋亡。”此后漏网的叛军再不肯降，据险而守，对抗官军。官军不断讨剿，但直到隋朝灭亡也没能剿灭叛军。
王世充出手便剿灭了刘元进。隋炀帝认为王世充是做将帅的材料，更加宠信他。
第二年，国内局势稍稍稳定。隋炀帝迫不及待又发动第三次高丽战争。
隋炀帝对人说，他平生最讨厌有人进谏，尤其讨厌为沽名钓誉而进谏的人。因此群臣不敢劝阻。
隋炀帝又一次全国总动员，征兵征粮征劳役。百姓实在是忍无可忍，变乱频发。士兵的厌战情绪也越来越高，逃兵不断。隋炀帝不为所动，坚持北伐高丽。
隋军杀至高丽。高丽军迎战被隋军杀败。隋军杀入高丽境内。
隋炀帝这次又改进了打法，不再跟辽东城纠缠，直接去打平壤。
隋军主帅来护儿率军一路高歌杀奔平壤。高丽无力阻截，派使者向隋炀帝请降。隋炀帝坐镇后方，没有随军进入朝鲜半岛。他接到高丽的降书，决定接受高丽投降，下令隋军撤兵回国。
隋炀帝讨伐高丽不是为了开疆扩土，只是为了自己的虚荣。高丽不肯向隋炀帝称臣，让隋炀帝觉得没有面子。高丽认输服软道歉认错满足了隋炀帝的虚荣心。他认为发动战争的目的已经达到，决定收兵回营。
来护儿接到撤兵的命令觉得不可思议。我们三次讨伐高丽，付出那么大的代价，难道就为了得到高丽一句软话？
来护儿不甘心无功而返，决定打下平壤，活捉高丽国王。但他手下的将领们不敢抗旨不遵，都主张撤兵。来护儿无奈只得下令撤兵。
隋炀帝前脚走，高丽后脚就变卦了。
隋炀帝召高丽王入朝觐见。高丽王不肯。隋炀帝大怒，准备四打高丽。
连续三年大动刀兵，当时国内已是遍地烽火。但隋炀帝依然不以为虑。他自信自己文武全才，平陈国、败突厥、降高丽，这些毛贼草寇不值得放在心上。
大臣有劝谏他的，说轻了他当耳旁风，说重了他认为是恶毒攻击现ZF，蓄意抹黑领导人，不是打成政治犯，就是撤职靠边站，没人敢再去触那霉头。