从起兵到拿下建康，刘裕只用了五天时间。
刘裕拿下建康。但是晋安帝被桓玄拐跑了，有国都无国主也不能复国。
刘裕收集了万把军队交给部将向西追击桓玄，争夺晋安帝。
桓玄逃回老家荆州，集结荆州水军反扑建康。桓、刘两军又在长江水面上二次决战。
桓玄的特混舰队兵力是刘军的数倍，舰只的大小和数量是刘军的两倍。刘军不满万人，以寡敌众。
但是桓玄故伎重演，在他的旗舰后面拖了一条快艇准备随时开溜。
桓玄跟他老爹桓温一样，缺少生死对决的勇气。桓温北伐无果，夺位未遂。桓玄比老爹强点，侥幸篡位成功但没能力保住。
将士们见桓玄又做好两手准备，本来就不高的斗志现在更低了。
开战后，刘军首先发起进攻，在气势上压倒对方。他们利用火攻扰乱敌阵，随后大军压上。混战中，桓玄感觉取胜无望，跳上快艇临阵脱逃。荆州水军大败。
桓玄逃了回去。但他手下将士认为他气数已尽，密谋杀了他邀功。桓玄闻风逃走，在出城门的时候被拦截他的士兵砍伤了脸。但他逃出城门却又遭遇益州的军队，结果还是难逃一死。
桓玄的堂弟桓谦把玉玺还给晋安帝，让晋安帝复辟，希望桓、刘两军停战。
刘裕拒绝停战，以皇帝没有宣布大赦，独不赦桓氏一族。桓氏只得顽抗到底。桓谦和桓玄的侄子桓振收拢军队继续抵抗。桓振很能打，屡次击退刘军。
“是岁，晋民避乱，襁负之淮北者道路相属”。百姓为了躲避战乱，抱着孩子、背着行李往淮河以北逃难。
桓刘大战进行到第二年开春才分出胜负。桓氏战败逃往后秦。刘裕把晋安帝接回建康。
桓刘大战期间，益州刺史毛璩率军东征，但蜀人不愿远征，推举南充人谯 [qiào]纵为主杀回成都。毛璩闻讯飞奔回援，派军进击谯纵。谯纵诈败将毛军引入伏击圈，一举全歼。谯纵乘胜进攻成都。城内的内应打开城门放入谯纵。谯纵杀入城内，将毛璩一家全部杀死。谯纵自立为王，建立西蜀。
刘裕率百官迎接晋安帝回宫复位。刘裕因为恢复社稷有功，成为东晋新一届的权臣。
刘裕以平定桓玄之乱宣布大赦，“惟桓氏不原”。桓氏残余以及跟桓氏沾亲带故的人或逃或反。战火迟迟不能熄灭。
东晋混战期间，北方胡人诸国也没闲着。
两秦互殴，后秦灭了西秦。三凉群殴，南凉和北凉联手干沉后凉。南凉和北凉都向后秦称臣。后秦在关内称霸。
关东地区以北魏最为强大。后燕在一连串政变后被北燕取代。南燕闭关自守一直平安无事。桓玄之乱时，南燕准备出兵浑水摸鱼，因为皇帝慕容德病死而作罢。
后秦跟北魏为争夺总霸主而争战不休。柴壁（山西襄汾西南）对决，北魏全歼来犯的后秦军，夺得了总霸主的桂冠。
北魏皇帝拓跋珪晚年为了永葆青春长生不老，常年服用丹药。“珪服寒食散，久之，药发”。
寒食散又叫五石散，由丹砂、雄黄、白矾、曾青、慈石五种矿物制成，也有说法是钟乳、硫黄、白石英、紫石英、赤石脂五种矿石。这种药吃下去，血液循环加快，全身燥热，精神亢奋，穿不了厚衣服，也吃不了热食物，只能穿单衣吃寒食，所以叫寒食散。
据说这个药是医圣张仲景发明。他的本意是治疗伤寒的，没想到被后人当做兴奋剂，甚至是长生不老药。
这种药的毒性是非常大的，长期服用会慢性中毒，严重的会致人死亡。但当时的人意识不到这些，只觉得吃了以后面色红润，精力充沛。他们以为这药能让人返老还童，实际上是未老先衰呜呼哀哉。
拓跋珪长期服用寒食散，导致“性多躁扰，忿怒无常”，一触即怒，动辄杀人。到最后，人已经失常了，“或数日不食，或达旦不寐，……独语不止。疑群臣左右皆不可信”。群臣左右人人自危，都怕招惹到他小命不保，能躲多远躲多远。
他的嫔妃没处可躲。他的妃子贺夫人惹到了他，被他关起来准备杀头。贺夫人让人赶紧去找儿子拓跋绍求救。拓跋绍带人翻墙入宫，把拓跋珪给杀了。
拓跋珪的长子拓跋嗣闻讯，立即从外面赶回京城，杀掉拓跋绍，灵前即位。
拓跋珪死时才38岁。本想吃丹药追求长生不老，没想到提前向阎王爷报道。