刘宗周和高攀龙都在询问天启空出手来准备去干什么，不过天启没有明确告诉他们，他们尽管心里纳闷也不好多问，但在不久后他们也慢慢知道了。九月初一，天启在征求了政务院、都察院等各部的意见后，下旨宣布在慈庆宫成立监政院，其作用就是协助天启监管各部。
经过这一年多的重新布局，天启将整个大明帝国的运转机构作了一个调整，这个调整不算完美但比以前的运转方式要有效得多。他首先拆分了什么都管但什么都管不好的内阁，把原来内阁管理的事务分为军务和政务，军务院设在武英殿，专门管理军队和处理军队事务，避免对军事一窍不通的文官在军务上指手画脚，因为军队事务关系到国家安危，不能让书呆子在这中间开玩笑。军务院由他的老师孙承宗来主管，其能力和忠诚都值得信任。
除开了军务的内阁只能以政务院的名号来处理政务，本来处理政务只需要就事论事按律而行或者商议决断，但天启知道大明官场的传统是对人不对事，就算说得再正确只要说话的人不令人满意那这事也会被反对。为了不让大家为了反对而反对，天启把管事的政务院和管人的都察院再次拆分开。在官员的升迁上规定不以功劳论功升迁而以能力升迁，并且还规定要以年龄来限制人想不断升迁的野心，政务院管事都察院管人互相支持与合作。
大明的官员基本上都是科举出身，在管理方面领悟到的知识不外乎是什么耕者有其田、轻徭薄赋能方法，而且他们认为这样做是对老百姓最大的恩惠，很喜欢百姓们把他们看成青天名垂青史，尽管他们中绝大多数人都不青还很黑。他们的这种管理方法在正常情况下百姓们还能勉强度日，但是遇到天灾人祸老百姓就过不下去。这些官员在位时要捞银子，不做官了就回家买田置地当地主，他们没有想到的是他们自身就变成了祸害百姓的人祸。
大明现在土地上的出产本身不高，百姓们上交了赋税所剩本身就不多，如果再让这些地主盘剥一次，百姓们度日就很艰难，遇到灾害只有背井离乡。从这点来说大明官员的管理方式是落后的、越走越没有前途的管理方式。这种约束型的管理方式没有或者说扼杀了创造力，被管理者看不到前途除了忍受就是茫然。为了改变这种维持了很多年都快维持不下去的管理方式，天启决定在这种约束制度下增加点推动力和吸引力。
大明现在是一个农业帝国，农民在忙完农活的时候都是闲着或者是在干一些劳累但没什么用的事，必须通过开矿、开工场等把休闲但很贫穷的农民组织起来做事。农民在农闲做工或者干脆丢掉土地成为全职工人，一方面可以给普通百姓一个通过劳动获取报酬的渠道，另一方面也可以给那些有钱人一个新的投资渠道，避免他们只想着如何在土地上压迫剥削普通百姓。大家都有利大家才都高兴，这也可以看着是有钱人和穷人之间的新的合作方式。
但是，如何施展推动力把农民转换成工人，如何运用吸引力将有钱人在土地上的投资热情吸引到开矿、开工场等新兴事务上，这个问题不是目前的大明官吏所能回答的，更不是他们明白并坚定去做的。为了让官员能够在社会转型期间不走弯路和回头路，也为了官员们不浪费宝贵的人力物力在不必要的事务上，天启成立了圣学院和博学院。圣学院的作用就是总结经验、从战略的高度制定大方向的规划，博学院的作用就是在具体事务上给官员们以支持。
比如说在某地要栽桑养蚕缫丝，博学院可以根据其要求帮助其规划桑田的种植面积，选择桑树和蚕的品种，缫丝车的制造，甚至缫丝车上的加捻装置和绞装装置的改进。而圣学院就需要在当地官府里查询资料，看本地的粮库是否充盈，周边府县的粮库是否足够。如果不满足天启规定的本县粮库中的存粮够全县人三年消耗，周边府县粮库中的粮食够一年消耗，那么圣学院就会告知政务院禁止该地种桑养蚕，就算要种也得种在山坡上河道边不得占用良田。
政务院管事都察院管人，博学院在具体事务上支持，圣学院把握大局，天启在有大事和急事时才来看一看，这看起来能够正常运转不用太劳累。但是，大事和急事太多了，很多事情都是大家以前没有见过的，比如说移民问题、良种问题、修路、开矿、工场等问题。出于稳妥起见还是有很多人来麻烦天启，经常有人烦让天启感到很不轻松，加上日常事务的处理经过他得看，尽管别人都处理完了而且每十天才看一次。
天启本想搞个自动化管理模式，他在确保关键权力不放手的前提下把该推的事务都推了出去，但现在看来效果不佳，丢掉一摊事又生出一摊事，这还是这几个月女真人和蒙古人忙不过来没有骚扰边关的情况下，如果现在不解决好过一阵增加上边患问题，那就该忙得焦头烂额了。天启想了很久，最后终于发现自己的失误在哪里了，原来是自己把处理大事急事这些事情看得过于简单，没有找帮手帮自己。