另一方面，史可法在军中的调查也取得了相当的进展，不但知道赵之龙刘孔昭当日是故意躲着他，以逃避责任，更清楚确定了他们两人暗中阻挠清田，利用部下的名字侵占军田以及贪污军饷的事实。
……
事关勋贵，南京刑部不能决断，厚厚的卷宗，送到了北京，交陛下圣裁。
隆武帝尚没有“决断”，都察院的御史却已经纷纷上疏进言。要求严惩南京勋臣。
“太祖高皇帝虽有遗训，要善待勋臣，然谋逆不在其列。”
“攻击官署，视同谋逆！”
“王子犯法，与民同罪，何况勋贵乎？”
“如不严惩，何能对得起当日死难的百姓？”
御史上下，一片喊杀之声。
……
虽然朝议汹汹，但勋贵毕竟是勋贵，而且就在这中间，宫中传出了喜讯，娜仁贵妃为陛下诞下了一个皇子，这也使娜仁成为了第一个为大明皇族诞下皇子的蒙古女子。
而据坊间传言，说陛下对娜仁十分喜爱，身为蒙古女子，娜仁骑马射箭，样样在行，常常和另一位妃子淑妃娘娘李氏一起，在宫中校场策马扬鞭，斗剑论武。
宫中有校场，妃子斗剑，论起来，不但是大明，就历朝历代也是从来没有听说过的事情。
对此，很多文人都是摇头的，觉得陛下对后宫太宽纵了，不要说皇帝，就是贩夫走卒，也不能让女人在家里这么放纵呢？
更有人觉得，宫里这么闹，迟早要出事情的。
有御史风闻弹劾，但泥牛入海，毫无回应。
有诞下皇子的喜讯，加上皇明历来宽待勋贵的传统，很多人都以为，徐文爵赵之龙刘孔昭等人一定会被轻放。
当然了，也有人对娜仁贵妃诞下皇子有所忧虑，虽然陛下已经有两子，且大皇子已经是太子，但面对娜仁贵妃的皇子，他们总是有些不安。
……
而隆武帝的决定，很快就公之于众。
“南京之乱，罪在用人，朕躬难辞其咎，斋戒三日，以为遇难者默。”
隆武帝先自己请罪，然后再说对徐文爵等人的处置。
“魏国公徐文爵，贵为国公，世受国恩，不思为国分忧，反而阻挠国策，暗中鼓动，酿成南京之乱，危及国家，当论死。念及先祖功劳，减等处置，褫夺一切封爵，贬为平民！”
“定远侯邓囿、灵壁侯汤国祚除爵，充军河套！”
“安远侯柳祚昌罪尤其大，为常赦所不原，除爵，抄家，斩！”
“赵之龙身为南京留守，执掌南京兵马，然就任以来，侵占军田，败坏军政，于治军练军无一所长，辜负圣恩，是日之乱，更是藏于营中，坐观时变，其心可诛，其后又贿赂大臣，欲掩盖罪行，蒙骗于朕，罪不可赦，除爵，斩，抄没全部家产，家人流放河套！”
“刘孔昭身为操江提督，和赵之龙同罪，除爵，斩，抄家，家人流放河套！”
“以上所抄没金银，全部用于赔偿当日在南京动乱中死难的将士和无辜的百姓。”
……
圣旨一出，整个京师都为之震动。
虽然在这之前，众人愤慨，御史言官纷纷上疏，要求严惩南京勋臣，原本以为，他们要一斤，陛下最少也要给八两不是？毕竟朝廷一直都有宽待勋臣的惯例，但没有想到，他们要一斤，陛下居然真就给了一斤，对南京勋贵并没有太多的宽容和减免。
爵位最高的徐文爵被贬为了平民，等于十代繁华，毁于一旦，大明再无徐家的世爵了。
幸运的是，他保住了性命。
相比之下，定远侯邓囿、灵壁侯汤国祚，安远侯柳祚昌等人就惨了，原本以为就是一顿板子的事情，想不到最后竟然是流放或者是杀头。
“陛下，不能这样啊，我们是勋臣啊，我们对大明有功啊~~”
但最惨的还属赵之龙和刘孔昭，不但抄家，而且连性命也丢了----就舆论来说，对他们两人的议论也是最多的，人们纷纷说，隆武陛下最怒的也许并不是赵之龙和刘孔昭参与鼓动闹事，而是朝廷将南京京营和水师交给他们，而他们两人却没有交出令隆武陛下满意的答卷，即便隆武陛下派了张家玉张名振这两条鲶鱼到南京，操练精武营，都没有能唤醒他们，也因此，旧怒加上新罪，隆武帝对赵之龙和刘孔昭从重处置，也就不奇怪了。
其他几个参与其事的勋臣，因为罪行较轻，所以没有受到处置，不过却也被严厉的斥责，并要求他们认缴金银，以为赎罪。
南京勋臣本来就不多，经此一次，所剩不过两三家，而且全部被隆武的雷霆手段所震撼，再不敢对朝廷的政策阳奉阴违，暗中阻挠了。
清查军田和摊丁入亩，自从再没有人敢阻拦，在南直隶顺利推行。
……
“冤枉啊~~”
被判处极刑的赵之龙和刘孔昭最为震撼，虽然他们已经有不好的预感，预料到自己的爵位可能不保，但万万没有想到，不但是爵位，连身家性命竟然也是被剥夺了。
因此，狱中的赵之龙和刘孔昭都是大喊冤枉，而令人想不到的是，赵之龙竟然使出了一个救命的绝招，那就是他家中有成祖文皇帝亲赠的“丹书铁券”，而这一次被他携带到了北京，就他好像早就预料此行不妙，因而提前将丹书铁券带在了身边一样。
何谓“丹书铁券”？
丹书：用朱砂写字；铁卷：用铁制的凭证。
简单讲，就是皇帝亲写的免除勋臣后代死罪的圣旨，铁制，世袭传递，主要是笼络勋臣的一种手段，朱元璋在世时，特别喜欢给勋臣们颁发丹书铁券，不过等到他变脸，要清算勋臣之时，那些被勋臣们整日供奉在正堂的“丹书铁券”毫无作用，屁毛都不管。
真正是金杯共汝饮，白刃不相饶。
明末，为了安抚魏忠贤，崇祯皇帝还曾给魏忠贤的侄子魏良卿颁赐过铁券。但魏良卿最后也没有逃过一死。