此后，施琅走投无路，投靠清朝，并一心与郑成功为敌。
对此一事件来说，郑成功和施琅都有责任，而最大的原因就是两人性格不合，郑成功性刚烈，不能容人，施琅又太有个性，两人在一次，迟早要迸溅出火花，从恩人变成仇人，这也是朱慈烺要将施琅调到京师的原因，另一个原因当然是为建立中央水师做人才储备。
前番议事之后，朱慈烺令施琅到京营，挑选一批会游泳，能做水军的士兵。
施琅听罢大喜，原本，他对自己被招到京师，心中是很忐忑的，不明白太子殿下为什么要召自己？现在才明白，太子殿下这是要建水军啊，而他作为选兵之人，日在在新成立的水师之中，必然会有一席之地--跟随其叔施福在郑家水师中干了七八年，老实说，他对自己的官位和待遇，是很不满意，现在被太子殿下看上，何愁未来没有前途？
所以他如何能不喜？
授命之后，施琅就到京营中去忙了。
据回报，施琅这个人虽然性子高傲，说话难听，但做事却一丝不苟，非常认真。
人的各种好习惯中，朱慈烺始终认为，认真两字最难得。
施琅很快就到了，见到太子，立刻下跪请罪。
太子殿下令他到京营选兵，到现在为止，他不过才选出了三百人，北方人多是旱鸭子，不习水，要从北方兵员中挑选水兵，实在是困难。
朱慈烺微微笑，令他起身，说今日叫他来，不为招兵之事，关于水兵招募，他已经派京营参将董琦到广东了，两到三个月，就可以招到一批熟悉水性的南方兵，到时再交给他操练。施琅惶恐又喜悦，朱慈烺又问起他生活情况，起居还习惯否？施琅更是感激，眼眶都红了，连连谢恩--现在施琅的头衔是京营的一个把总，享受京营待遇，但日常不用接受京营操练，每日只带着选出来的三百人练习水军的一些基本。
朱慈烺听罢微微点头，沉思了一下，缓缓道：“今日叫你来，其实没什么事，只是想聊一下泉州水师……”
“殿下但问，臣知无不言。”施琅并非是郑氏亲信，对泉州水师没有什么好顾忌的，再者，问话的是太子，未来的皇帝陛下，给他两个胆子，他也不敢欺君。
朱慈烺以泉州水师为引子，两句话之后，就转到了郑芝龙的个人身上。
自从在京营成立军情司，朱慈烺就定下了两个重点区域，一个是了辽东宁远，另一个是陕西，这两地分别对应建虏和流贼，两个重点之下，是需要重视的几个地区，首先是京师，但现在已经撤，第二是左良玉的襄阳，第三就是郑芝龙所在的泉州，因为有历史上的不好记录，朱慈烺对这两个军镇一直都抱持戒心，军情司在这两个地方展开，收集情报，就是预防左良玉和郑芝龙两人作出对国家不利的事情。
但军情司毕竟成立时间不长，但现在满打满算才一年，作为重点的陕西还好，其他几个地区的谍报，都只是刚刚铺开，只能了解上报地方上的一些简单情况，尚无法切入郑芝龙的核心，因此对泉州水师和郑芝龙个人，朱慈烺还有很多的不了解--虽然有历史参照，但历史记载的都是大事，小事鲜有记载，更何况，谁又能保证，历史记载都是正确呢？
上一次，郑芝龙进京时，朱慈烺曾经仔细观察，发现郑芝龙表面惶恐，对朝廷恭恭敬敬，但其实内心却自有主见，任何事情都会先在心里用盘算打上几遍，觉得合适了才会做。说他是一个海盗，倒不如说他是一个商人。
如果从商人的角度切入，只要给他足够的利益，他自然就会听从朝廷的命令，但朱慈烺知道，郑芝龙这个人，怕没有表面上这么简单--白手起家，最后建立起一个庞大的海上帝国，这样的人，又怎会没有一些手腕和本事？
再者，朝廷和东印度公司往来，已经动到了郑芝龙的利益，虽然朱慈烺百分百的知道，郑芝龙绝不敢公开反对朝廷。假扮海盗，洗劫东印度公司的商船，不过就是在泄愤。但郑芝龙的泄愤，却威胁到了朝廷和东印度公司的合作，甚至是影响到了朱慈烺逆转历史的大计，因此必须尽速化解，不然拖延下去，郑芝龙真的血洗了东印度公司的商船，造成不可挽回的影响，那就后悔莫及了。
如果是一个直男，首先想到的办法自然是朝廷下旨，严厉训斥郑芝龙，令其不得再打东印度公司商船的主意，破坏朝廷的大计。
但郑芝龙的人假扮海盗，试图洗劫东印度公司商船的事情，现场没有留下任何证据，只要郑芝龙矢口否认，朝廷就奈他莫何，就算是在朝廷的严旨之下，他暂时收敛，但难保以后不会再出幺蛾子，因此，只靠圣旨是不行的。
为了大明海域的安宁，为了和东印度的长期合作，保证粮米的输入，朱慈烺必须想办法令郑芝龙明白，东印度公司的船，他是不能碰的，朝廷的大计，更是他不可以反对的，只要他能忍了东印度公司，未来必有更大的利益等着他，如果他一味强干，他郑家的基业，说不得就会烟消云散。
但这种威胁的话，不能由朝廷来说，而是要让郑芝龙自己明白，并悄悄收手。
朱慈烺可不希望，自己犯下郑成功历史上的错误，将施琅推到敌方阵营里。
施琅在郑氏水军六七年，其叔施福又是郑芝龙的中军心腹，对郑芝龙的了解，一定超过常人，因此朱慈烺想要通过施琅，对郑芝龙有更进一步的了解。