仗打完了，接下来的一个问题就是投降的流贼和家眷要如何处置？
这是令大明朝头疼不已的一个问题，也是流贼屡剿不灭的根节所在，不处理好这个问题，今天投降的这七百流贼难保不会再叛。
在京师时，除了研究各地督抚对流贼的处置方法，找寻其中的利弊，朱慈烺还不止一次和吴甡、张家玉、参谋司的几个参谋、还有军中的将领们秘密讨论过对流贼的处置办法。
而大家分成截然不同的两派，一派以刘肇基、贺珍等武将为主，认为所有流贼都应该就地处死，斩草除根，免得他们再起。理由很充分：流贼都是降而复叛，反复无常之辈，一旦纵放，必然后患无穷。张献忠等人就是最好的例子。
何况流贼属于谋反，依大明律，直接参与谋反者都应该处死。
而以吴甡和张家玉为代表的文人则是另一种看法，他们认为大部分流贼都是被生活所迫的农民，除了一部分作恶的贼首，必须斩首之外，其他人都应该给他们一个改过自新的机会。
听取两方的意见，结合前世里的一些经验，朱慈烺最后定出了一个初步方案。
那就是设立一个专门处置流贼的“简易法庭”。
首先将投降的流贼进行分类，先从中挑出一些罪大恶极，被百姓们怨恨极深的匪徒，在百姓面前公开处决。怎么挑呢？方法也简单，将所有流贼都拉到百姓面前，供百姓们指认，凡是犯有血案，或者罪行深重的，即可定为死罪。
就比如现在，凡在在刘店镇犯过血案，皆可由李店镇百姓指认。
这一来肯定会有漏网的，有流贼没有在刘店镇犯罪，或者他残害的人已经死去，没有人可以指认他。
但没有办法，在没有证据的情况下，不可能将所有投降的流贼都杀了，那一来，就没有人会投降了。现阶段，只能用这种权宜之计。
接着便是宣判，按参加流贼的时间和职位的大小，分别判处两到八年的劳改。什么是劳改？字如其意，就是劳动改造。参加时间越长、在流贼里的职位越高，需要劳改的时间就越长。
至于劳改的地点，朱慈烺也暂定了几处，一个是黄崖关等地长城的修筑，二是京师的小煤窑，三是平定了河南之后，各地城池的修建，总之，所有流贼都必须为他们曾经的行为付出代价。
表现好的流贼，刑满之后不但会被释放，并且会发一块地给他们，令他们重新回归良民的身份。
只要参加流贼，最轻的处罚就是两年劳改。
为什么要这么做？
因为流贼虽然出身于农民，当初不管是被裹挟，或者是被逼，并非心甘情愿的参加流贼，但既然参加了流贼，或多或少都会沾染上一些流贼的戾气，甚至是养成了不喜劳动，只喜欢打家劫舍、揉虐百姓的坏毛病。即使是罪行最轻微的流贼，冒然将他们放回家乡，他们短时间也难以恢复淳朴的本能，一个不好就会再起，所以朱慈烺要对他们进行劳动改造，让他们重拾农民辛勤劳作的本来面目。
至于流贼的家属。流贼本人战死，其家人没有依靠者，交给当地官府妥善安置，被判“劳改”的流贼的家属，则跟随流贼一同前往劳改的地点，做一些力所能及的小工作。和判刑的流贼不同，家属做工是有工钱的，虽然很微薄，但足够他们维生。有家属在身边，流贼能更安心的劳改，而不会有逃跑的心思。
而家属对流贼也是一种羁绊，如果流贼胆敢逃跑，不但流贼本人要死，其家属也要一同处死。
这等于是又加了一道保险，令流贼不敢越狱逃跑。
这是朱慈烺想了很久，想出来的应对之策。
比起朝廷将投降的流贼一放了之，简单给一两银子就令他们归乡的鸵鸟政策，朱慈烺觉得，自己的政策或许可以解决流贼再犯的可能。
而且这项政策并不需要太多的银子，只需要一些粮食，等到两年后，第一批流贼刑满释放，需要发放田地之时，中原的匪患应该已经平定的差不多了，这种情况下，令他们回乡，给他们一块地，他们必然老老实实，而不敢再有其他的念头。
当然了，刑罚归刑部，京营是没有刑罚的权力的，但流贼是军中的俘虏，不同于百姓，朱慈烺身为太子又有一些取巧之术，因此暂时就这么定了下来。
临出京之前，当朱慈烺将这项政策告知吴甡时，吴甡大为叹服，认为各地督抚都应该照此办理，只要严格执行，逐步解决流贼降而复叛的顽疾，应该是有可能的。
临时法庭的庭长是抗清三公之一的冯厚敦。
冯厚敦是一名老学究，性子刚直，做这样的工作正合适。
黄昏时分，被俘的七百多名流贼都被押到了刘店镇的中心广场，一千精武营将士手持长枪维持秩序。很快的，听到消息的百姓都从四面八方而来。
百姓们对流贼的愤怒，可谓是郁积了很久，当冯厚敦威严的宣布完命令、令百姓们指认罪犯之后，现场立刻就乱了，很多百姓冲了出来，不但指认流贼，还痛哭着诉说自家的悲惨遭遇，还有人冲上去，对捆绑跪地的流贼拳打脚踢。
这时的流贼完全失去了往日的威风，一个个跪在地上连声哀求，只盼能留一名性命。
这其中，没耳朵最是惨，几乎每一个冲出来的百姓都会指认他，两个时辰前，还在他怀中瑟瑟发动的那名美少妇，这时也哭喊着冲了上来，在他脸上狠狠挠了两把，差点把眼珠子给他挠出来，由“没耳朵”变成“没眼睛”。
钻天猴也好不到哪里去，被愤怒的百姓围住了又踢又打，若不是官兵拦着，两人当场就会被打死了。
指认完毕，冯厚敦向太子请令。
朱慈烺一声令下：“传本宫之令，将这些杀人害命之徒，就此斩首！”
“饶命啊殿下！我等以后再也不敢了……”听得太子这道命令，所有被指认出杀人罪行的流贼都被提到了最前面，被刀斧手看管，有人面色死灰的认了命，有人却还在大声的求饶。
“斩！”
一声令下，包括三大家钻天猴在内的四十多名流贼的脑袋就落了地。但行刑的过程并不是太顺利，因为这些刀斧手不是专业的刀斧手，而是从军中选出的新兵，此次剿匪太顺利，后面两个千总队根本没见到血气，所以太子将行刑的任务交给了他们。
不能战场杀敌，斩斩人头，见见血气，也是好的。
但斩头是一项相当有技巧的工作，并非全靠蛮力。有刀斧手一刀没能砍下流贼的脑袋，又补了第两刀、第三刀，甚至有连砍了五六刀，脑袋才掉地的。流贼们死的极不痛快，一个个惨叫连天。
百姓们却更加解恨。
一阵手忙脚乱的乱砍之后，四十多名流贼终于都不动了。