但惠藩的地位有些尴尬，李明勋建议他们下南洋，而鲁监国政权恰逢地盘被郑成功抢了，也要下南洋，于是这些朱明勋贵脱离了朱明序列，成为了帝国的开拓元勋，惠藩与粤西三公合作开拓了九龙地区，而鲁监国的勋贵则开拓了婆罗洲，分别成立了开拓公司，皇室和一干元老都有入股。
随着帝国建立，九龙地区与婆罗洲也就成为了拥有特许状的开拓公司，与非洲开发公司、巴拉望公司及美洲公司一样，只不过九龙与婆罗洲两家公司的股东相对固定，即便后来公开募股，也只是参与分红而没有管理权，后来帝国政府不断通过以授权续约、融资等方式入股，帝国政府成为了最大股东。
帝国开国之后，两家公司的地位有所松动，当时虽然主要问题在于，帝国要求所有伯爵及以上贵族前往申京居住，导致很多开拓元勋反对，但是在面临取消特许状的威胁下，这两家公司最终屈服，而且开放了部分股份。
而最新的转折出现在了美洲改制之后，随着美洲公司辖地变成美洲行省，帝国各阶层发现，好处竟然是那么多，在帝国二十三年完成改制之后，美洲行省与帝国本土的联络日趋密切，尤其是经济日趋停滞的北海三省，随着跨洋贸易而活络起来，北海三省的毛纺织品、铁器及各类手工业产品涌入了美洲，而美洲的毛皮等货物涌入本土，就连申京的纺织业都得到带动，毕竟美洲不只是一个小省的消费市场，还面向西班牙人的殖民地。
虽然美洲的纺织业等遭到了冲击（主要是技术落后），但是各方都是有利的，美洲不仅没有出现人口流失，反而每年都有数千人到美洲来，而在今年，移民人口肯定能过万。
结果就是中央财政和地方财政都受益，而各地经济也都得到了发展，也为帝国开拓美洲注入了新的动力，无论国家还是百姓都是受益的，于是，申京的议院就提议，索性九龙、婆罗洲两大殖民地也改制算了，而帝国二十四年底正式九龙公司授权状的最后一年，所以议院的议员以美洲案例说服元老院、内阁共同倡议，不再向九龙开发公司授权，把九龙地区改制为九龙行省。
显然，九龙公司是不愿意的，于是各方就开始揭老底算旧账，什么陈芝麻烂谷子的事都扯出来，到了最后，安全局都参与进来，给了九龙公司致命一击。
当年皇帝还是太子的时，经历了忠嗣团案，就连皇后都是其中一员，那件大案中牵扯了不少勋贵、议员，其中就包括九龙和婆罗洲两地的前明勋贵，而且这两地因为是殖民地，与帝国的行政、文化格格不入，倒是和朱明前朝没有多大差别，而把两家公司往谋反、割据上一引，直接吓住了所有人，不要说九龙公司，就是特许状还有五年的婆罗洲都请示改制了。
于是帝国二十五年，九龙公司辖地直接变成了一个拥有一百一十万国民的南洋行省，九龙公司的一切权力都转交帝国行政机构，但是改制不是说说就可以，九龙地区的复杂情况也让内阁措手不及。
国内之所以推动九龙改制，主要是工商业主的推动，九龙公司辖地不仅有一百一十万国民团体，还对真腊地区、南掌王国（老挝）有垄断权，如果算上这两大地区，又多了三百五十万的人口，这是一个非常巨大的市场。原本，本地绝大部分的经济资源都被九龙公司垄断，每年只向帝国上缴年收入五分之一的分红，帝国财政最多只拿到过三十五万白银的收入，而一旦改制，九龙公司辖地的贸易放开，光是海关收入就不只这一点。
全国上下，只有一个部门提出了反对，那就是海外事务部，但殖民公司归属于海外事务部管理，这种割肉的行为被其反对也是可以理解的，只不过在帝国高层那里，还有一个人反对，那就是太上皇李明勋，当然李明勋只是反对，没有阻止，他直接告诉皇帝李君华，这是注定失败的，但吃一堑长一智，未必是坏处。
但帝国发现，为了继承九龙公司的权力，就要履行其义务，也就是负担殖民地的一切管理成本，包括多达七万人的官僚、军队的待遇，而反过来，靠垄断产生的收益却荡然无存。结果就是，在帝国二十五年这一年中，帝国非但没有获得任何财政收入，反而财政账面上亏损了七十多万两。
九龙行省的财政收入外加新增的海关收入都投入进去，依旧不够殖民地和九龙行省的开支，必须让帝国中央政府填补财政，而最大的亏损就是来自于真腊地区。当年为了筹划对满清的全面战争，李明勋联合九龙公司、广南国和暹罗国，发动了对真腊国的战争，把真腊国分割，扶持了一个傀儡政权，但是这个政权仅仅持续了两代二十一年，就完全覆灭了，真腊地区成为了九龙直接管辖的殖民地，两百多万人的殖民地收不了多少税收，反而要维持相当规模的军队和官僚，而贪腐问题又十分严重，成为了改制之后最大的无底洞。
一年的改制，让帝国高层认识到，帝国直辖殖民地，对帝国经济有利，但对帝国财政不利。由此不仅婆罗洲、非洲殖民地逃过一劫，就连九龙的改制也再一次改了回来，从帝国直辖殖民地，变成公司殖民地。
只不过九龙行省依旧存在，九龙公司只获得了对真腊和南掌两地的垄断权，而把赔钱的殖民地扔出去后，九龙一省就是财政盈余的地方。只不过为了安抚各界，新成立的九龙公司公开募股，股东已经大半换了。
九龙改制失败之后，帝国让海外事务部全面调查帝国的海外殖民地与欧洲殖民地的模式，总结出来一个很让人无奈的结论——最好的殖民地，是半殖民地，然后是别人家的殖民地。
帝国拥有很多半殖民地，或者说，几乎帝国所有的邻国都属于半殖民地或者说经济殖民地，在战争中被迫开国的日本自然是第一个，而更多的半殖民地在南亚和东南亚，尤其以中南半岛上的缅甸、安南等国最为成功。
半殖民地没有什么统治成本，帝国可以与之进行相当的自由贸易，是帝国的原料产地和商品市场，唯一的成本可能就是一开始促进这些国家开国，但这并不一定是战争，比如安南国，当年与满清合作，在满清覆灭之后，为了避免帝国报复灭国，而选择向帝国开放。
而其余国家，帝国借助宗主国的身份，对其国内事务进行介入，总是支持那些亲近帝国的皇子继承权力，一步步的促成开放，其中以缅甸最为典型，在满清覆灭之时，缅甸只是向帝国称臣纳贡，但拒绝开国，帝国还曾制定过对其发动战争，只不过随着大陆扩张，而没有付诸实施，也是在这个过程，连续三代王位的继承被帝国介入，一步步的向帝国开放。
这也促进了帝国国家战略的一个新标准，即殖民地不应该长期作为帝国国家财政的负担。