大顺军猛攻山海关。两军大战几天几夜。吴三桂顶不住了。万般无奈之下，吴三桂令人集中火力驱散城门外的大顺军，亲自带兵突围跑进多尔兖的大营，跪地投降了。
多尔兖率领的十几万清兵入关增援。在多尔兖、吴三桂的夹击下，大顺军溃败了。
李自成率领残兵败将逃回北京城。多尔兖命吴三桂为先锋，带领清军杀入中原。李自成不敢恋战，放弃北京逃往西安。
李自成在逃走的前一天在太极殿举行了称帝登基的典礼，临死也要过把瘾。举行完仪式，他令人连炸带烧把皇宫破坏。我住不上也不能让别人得着。
吴三桂领着清兵紧追李自成不放。大顺军因为带着太多抢来的财物和妇女，行进缓慢，无法摆脱吴三桂，且战且走，屡战屡败。人越打越少。
李自成逃回关中。清兵以红衣大炮轰破潼关，杀入关中。李自成不得已放弃关中再逃湖北。部众见李自成大势已去纷纷弃他而去。
李自成在湖北也是一败再败。跑到九宫山的时候，李自成令部队扎营，自己带领少数骑兵出去“略食”，也就是抢粮。在一个村庄，李自成被村民们包围，脑袋被锄头砸烂，壮烈牺牲，一命呜呼。
也有说法李自成隐居九宫山做了和尚。
李自成的大顺王朝昙花一现，只存在了40天就黯然收场。
多尔衮率领清兵进入北京。
明朝的达官贵人聚集在城门外迎接。他们不是迎接多尔衮，而是迎接吴三桂。传闻崇祯的太子逃脱李自成的魔爪投奔吴三桂，吴三桂领兵送太子回京即位。他们以为明朝光复有望，自发出城迎接。结果，他们接到的却是多尔衮和八旗兵。失望之余他们迅速调整心情向清朝表示归顺。
多尔兖将福临接到北京，宣布大清国以北京为国都。清朝正式立足中国。
北京朝廷投降了清朝。明朝在南京还有一个朝廷。
明朝实行两京制，在北边设了个北京，在南方设了个南京，一主一辅。南京也有一套朝廷班子，作为北京朝廷的备份，称为南朝。南朝就缺个皇上，添个皇上就能复国。
南京在得到崇祯的死讯后立福王的儿子朱由崧为皇帝继承大统。南京政权被称为南明。朱由崧被称为南明弘光皇帝。
南明建立之时，黄河以北都是敌占区，有被清兵占的，有被李自成的大顺军占的。当时南明认为头号敌人是李自成，李自成不仅逼死崇祯还杀了弘光的爹，杀父之仇不共戴天。
但是南明的实力薄弱，江南的军队很少，根本打不过号称百万的农民军。南明朝廷决定联合清军打击大顺军。
弘光派人去和多尔兖讲和，以纳贡割地游说多尔兖帮助南明剿灭农民军。他们的想法和吴三桂如出一辙。但他们不知道的是，吴三桂“裂地以酬”的提议早已被多尔衮嗤之以鼻。
多尔兖给南明的兵部尚书史可法去信，要求南明“削号归藩”。如果弘光肯去除帝号，归顺大清，多尔衮许诺让他享受藩王待遇。
史可法回信“愿为国死”。
议和宣告失败，南明和清朝由此进入战争状态。
1645年，多尔衮派兵南下进攻南明。
史可法在议和失败后亲自率兵北上，在江北建立四镇防御清兵。他前脚刚走，南明便爆发内战。驻守武昌的将军不承认南明政权，假称太子尚在，打着“清君侧”的旗号率军杀向南京，要夺取南京政权。弘光急命史可法把江淮防线的军队调回来勤王。
左良玉打到九江的时候突然得了个急病死了。叛军拥立左良玉的儿子左梦庚为帅继续东下。左梦庚杀至南京被南明的军队击败，退守九江。
南明窝里斗便宜了清军。清军乘虚而入，轻而易举地跨过黄河和淮河，如入无人之境。
史可法冒雨赶回扬州，登城指挥防守。
扬州被清军包围。史可法率军苦战七天七夜，力尽城破。清军攻入城后纵兵屠戮，烧杀淫掠，无所不为。十天后，清军宣布“封刀”。此时八十万汉人已身首异处。史可法被清兵俘获后也惨遭杀害。
清军用屠城恐吓南明，谁敢抵抗就是这么个下场。
江北守将弃城而逃。清兵轻松杀至江北。
清军找些木筏点着了，趁着天黑在江面上随便这么一漂。对岸的明军以为清军要从这里过江了，急调水军、炮兵增援。大炮一直“匡匡”地放，直到弹药耗尽。谁承想，清兵这是声东击西。他们从瓜州悄悄渡过了长江。
历来被视为天堑的长江防线就这么被轻易攻破。
弘光连夜打包金银细软，带着数十名太监骑马出城。次日，军民看到宫里的嫔妃宫女纷纷外逃才知道皇上跑了。被他抛弃的南京朝廷无心抵抗，投降了清兵。
清兵占领了南京，派兵追杀弘光。弘光跑到芜湖。芜湖的总兵把弘光一家绑起来送给清兵邀功请赏。清兵把弘光押往北京。
盘踞九江的左梦庚也吓破了胆，率领二十万军队投降了清军。