把匝剌瓦尔密在明军杀至普定时已经判定明军的目标是曲靖，急调十万精兵布防白石江
白石江从东西向从曲靖城前流过，就像曲靖天然的护城河。
明军如果强渡白石江必定伤亡巨大。于是明军声东击西，一面佯攻，一面派出一支奇兵从下游渡江，绕到元军背后，遍插军旗，击鼓鸣金。元军以为腹背受敌，军心大乱。明军趁元军分兵回防，江防出现混乱之机，抢渡白石江。元军放弃江防收缩防守。明军渡江之后马不停蹄发起进攻。沐英率领骑兵直捣敌军中军，所向披靡。乱军当中，元军元帅被沐英生擒活捉。元军大败，四散奔逃。
傅友德攻克曲靖后亲率一支军去夹击乌撒，派蓝玉和沐英率一支军杀奔昆明。
元军已经失去抵抗能力。之后明军取昆明、取大理如砍瓜切菜一般。云南全境很快被攻克。把匝剌瓦尔密在逃亡途中自缢而死。
在云南，明军俘虏了当时只有11岁的郑和。
郑和本姓马，是回族MSL，属色目人。郑和祖上是色目贵族，因功封王。他父亲是元朝官员，被封为滇阳侯。明军攻破昆明时，郑和的父亲兵败被杀，郑和做了俘虏。明军看郑和聪明伶俐便把他阉割了送进燕王朱棣的府中做太监。
以俘虏为奴在古代很常见。太监也是奴的一种。
郑和因为受宠，被朱棣赐姓郑。后来郑和奉朱棣之命出使，七下西洋。
傅友德率军杀回贵州。乌撒元军在明军杀到之前望风而逃。但乌撒诸蛮不肯投降明军，聚众围攻明军。傅友德指挥部队迎战，斩杀多个部落酋长。诸蛮战败，一哄而散。
明军收复了云贵，但任务还没有完成。云贵地区是少数民族地区。诸蛮人数众多，叛服无常，逮着机会便偷袭明军。如果不能彻底征服诸蛮，明军撤走后云贵地区就有可能得而复失。
明太祖指示傅友德宜将剩勇追穷寇，彻底平定云贵地区。
傅友德一面组织部队筑城防守，一面“分兵四出，攻诸蛮寨之未服者”。乌撒诸蛮卷土重来。明军“大败其众，斩首三万余级”。“云南诸夷复叛”，聚众20万围攻明军驻守的城池。明军固守待援，以强弓硬弩阻击诸夷。明军援军及时赶到，驱散诸夷，生擒四千人。明军追捕残余，再次平定云南。
剿匪比打一场战争还费劲。明军剿抚并用，花了两年时间才基本收服了云贵诸蛮。
明太祖把贵州划归四川管理，让沐英镇守云南。傅友德率领明军主力班师回朝。
不过，明军走后诸蛮仍然叛服不定。
1385年，古州（贵州东南）蛮叛乱，叛众多达20万。明太祖派汤和率军20万前去围剿，一战歼灭4万，擒杀匪首，予以平定。同年思州（贵州东北）蛮也发动叛乱。汤和发动斩首攻击，活捉匪首，匪众溃散。
次年，云南也爆发大规模叛乱。明太祖调兵遣将予以平定。
云贵地区历时十年才最终平定下来。
明军横扫云贵，势不可挡。慑于明军威势。安南、占城等原元朝属国纷纷向明朝进贡表示臣服。东北的高丽见北元已经无力回天也向明朝称臣进贡。
日本见各国向明朝进贡都获得大量赏赐，觉得是个好买卖，也向明朝进贡。但小日本只带来贡品没有带着称臣降表，明朝拒而不收，碰了一鼻子灰。
平定了西南，朱元璋又调兵东北。东北王纳哈出一直盘踞东北，不断骚扰明朝边境。
1387年，朱元璋派兵20万北伐纳哈出。他把军队交给大将冯胜、蓝玉等人指挥。
朱元璋手下一流大将徐达、常遇春、李文忠等或病死或被“肃反”，只剩下二流战将冯胜、蓝玉等人。不过蒙古人已经势衰，二流战将也已经足够对付蒙古人。何况朱元璋本人就是一位身经百战的帅才，运筹帷幄为北伐军安排好了每一个细节。
明军进入东北时天降大雪。这样的天气本来不适合行军作战。但冯胜侦察得知元军驻扎在庆州（辽宁巴林右旗境内），为了达到出其不意的效果，派蓝玉率军突袭庆州。
蓝玉率轻骑兵冒雪奇袭庆州。元军根本没想到明军敢在这样的鬼天气发动进攻，毫无防备。蓝玉一举攻克庆州取得了北伐的开门红。
东北大门被打开，冯胜率主力部队蜂拥而入，兵锋直指纳哈出的老窝。
纳哈出率军进驻金山（吉林勃勃图山）准备跟明军决战。明军云集金山，把金山围了个水泄不通。
朱元璋派出一名蒙古降将前去劝降。降将现身说法，晓之以理动之以情。纳哈出有些心动，派人和明军联络，并借机刺探军情。使者进了明军大营，看到明军兵强马壮，回来禀报纳哈出。纳哈出审时度势：打，打不赢；跑，跑不了。明白大势已难更改，开城投降。
东北和平解放。明军接管了东北，在铁岭驻军把守。
高丽向朱元璋抗议，说铁岭是高丽领土不可分割的一部分，当年被蒙古人霸占了。现在蒙古人完了，你们应该把铁岭还给我们。朱元璋不理。
高丽不服气，决定武力夺取你，命大将李成桂带领4万人去进攻辽东。
李成桂对这个差事非常窝火。明朝兵势正盛，东北陈兵20万。你给我虾兵蟹将4万，这不送死吗？带兵走到边境，越想越生气，一赌气又带兵回来了，反戈一击把高丽王朝灭了。他自立为王建立了朝鲜，向明朝称臣纳贡。