564年——568年 南陈帝陈蒨死，太子陈伯宗立，皇叔陈顼[xū]辅政。北周帝宇文邕杀权臣宇文护，亲政。陈蒨平王琳等江南诸侯，统一江南。
北周和北齐争战期间，南陈抓紧时间平定江南。陈蒨在西部大致安定以后开始讨伐东部不肯归附的割据军阀。
从江浙到福建，各路军阀名义上向南陈称臣但不遵南陈号令，处于半独立半割据状态。之前没有功夫也没有余力管他们，只能尽力安抚。现在长江流域都统一了，陈蒨开始收拾这帮军阀。
缙州（浙江金华东阳市）刺史留异跟王琳暗中勾结，随时准备起兵反叛。陈蒨打败王琳后立即调转枪口去打留异。
侯安都率军杀入缙州。留异负隅顽抗，依据山险阻击侯安都。侯安都亲自率军冲锋。战斗中，侯安都被流箭射中，血染征袍，但神色不变，坐在战车上继续指挥。官军一鼓作气打败留异。留异战败逃往福建，投奔闽州（福建福州）刺史、他的女婿陈宝应。
陈宝应是江南内地势力最大的军阀。以前江南军阀属王琳最大，王琳败了以后就属他了。东南地区的军阀都尊他为老大。
陈蒨没急着打陈宝应，先派兵讨伐留异一党、江州刺史周迪。
陈蒨的弟弟陈顼[xū]率军打败了周迪。周迪战败后也逃往闽州。叛党在闽州聚集。
陈蒨没了后顾之忧，准备集中精力对付陈宝应。这时有人告侯安都谋反。
侯安都对于陈蒨来说可谓贵人。如果不是他力挺陈蒨，陈蒨也做不了皇帝。陈蒨登基后，北周为了给南陈添乱，放回陈霸先的儿子陈昌，让他回去争位。侯安都假意迎接陈昌，半途把陈昌推入江中淹死，以陈昌失足落水上报朝廷。南陈避免了一次政治危机。
作为战将，侯安都跟随陈霸先南征北战东挡西杀为南陈立国立下汗马功劳，后来作为陈蒨首席大将平王琳、收湘州、讨叛将为平定江南又立下赫赫战功。
侯安都是南陈的第一大功臣。
但军人出身的他身上有很多毛病，比如不拘小节，傲慢骄横，不尊法度。
他自以为有拥立之功跟陈蒨说话也不讲个上下尊卑。在一次陈蒨主持的宴会上，他竟然歪着身子坐，借着酒劲问陈蒨：当皇帝可比你以前当王爷强多了吧？陈蒨装没听见不理他。侯安都又问一遍，陈蒨还是不理，以为侯安都能识趣。没想到侯安都又当众追问了第三遍。陈蒨只好耐住性子回答：这多亏了您当年的大力支持。侯安都听了很开心。他就是想听这句话，也想让大家都听听。但是陈蒨很不开心，觉得侯安都将来可能恃功作乱。
对皇帝有大恩并且跟皇帝不讲尊卑上下，这在皇帝眼中就是谋反的前兆。陈蒨开始提防侯安都。
陈蒨派人监视侯安都。像侯安都这种不拘小节的人挑他毛病太容易了，何况是带着有色眼镜来挑。陈蒨很快确认侯安都有谋反之心，决定除掉他。
侯安都打败留异，士气正旺，打算乘胜南下灭了陈宝应。陈蒨却命令侯安都立即回京述职。侯安都回京后，陈蒨假借庆功酒在宴会上逮捕了侯安都，然后把他杀了。
大战未发先斩了自己一员大将。不过陈蒨认为这样做是值得的，一则消除隐患坐稳皇位，二则杀人立威让人不敢轻视自己。
陈蒨重新调兵遣将讨伐陈宝应。
564年，陈军从江海两路夹击闽州，一战打垮陈宝应。陈宝应和留异被陈军抓获杀掉。周迪战败后藏匿深山，最终难逃一死。陈蒨打败陈宝应收复了福建，随后又扫平了周边各路小军阀。陈蒨最终统一了江南。
南陈从建康一地白手起家，经过陈霸先、陈蒨两代十年的努力终于统一江南。不过南陈仅仅占有长江以南地区，是南朝宋齐梁陈四国中版图最小的。
陈蒨在平定江南之后病了。他觉得自己可能不久于人世，开始考虑继承人问题。
他的太子年纪还小，才十几岁。他从守住江山社稷的角度考虑认为应该立个成年的国君。乱世宜立长君。他暗示想让弟弟陈顼继位。但这个想法遭到亲信大臣的反对。他们执意要让太子陈伯宗继位。陈蒨只得作罢。
陈蒨死后，陈伯宗灵前继位。
陈蒨死时45岁。陈伯宗14岁。陈蒨30多岁才有了第一个孩子，这在那个年代很不常见。
有一个关于陈蒨八卦传说，说陈蒨有一个男皇后。
男皇后是指他的宠臣韩子高。史载韩子高“容貌美丽，状似妇人”，“文帝（陈蒨）甚宠爱之，未尝离于左右”。