公元414年——420年??刘裕二次北伐灭后秦，收复关中。将领争功，复失关中。刘裕令晋恭帝禅位，建刘宋。
至此东晋基本恢复了桓温、谢安时代的地盘。国内结束内乱恢复了安定。
刘裕因功荣升太尉、中书监，军政一把手。但职位升得越高心胸越狭窄，越不能容忍异己。刘裕想把朝堂上自己看不顺眼的人全撵走。
刘毅跟刘裕同时起兵讨伐桓玄，自认为功劳、能力不亚于刘裕，却一直被掩盖在刘裕的光芒之下，心里难免羡慕嫉妒恨。卢循之乱时他急于立功，不遵刘裕的将令，自作主张迎战卢循，结果被杀得大败。战后，他被任命为荆州刺史，兼管广州、交州。他在自己的辖区任用亲信，建立自己的山头。刘裕认为他有异心，派兵抓捕他。刘裕的军队跟刘毅的军队爆发大战。刘毅战败自杀。
刘裕任命皇室宗亲司马休之接任荆州刺史。
司马休之的长子司马文思被过继到大伯司马尚之家继承大伯的烟火，同时也继承了司马尚之的王位。这家伙是个恶少，残害无辜，扒坟掘墓，无所不为，无恶不作。刘裕非常厌恶他。有一次，司马文思将一个官员殴打致死。刘裕大怒，把他绑了送到司马休之那里，“令自训厉”，让司马休之严加管教。他暗示司马休之处死司马文思。但是虎毒不食子，司马休之不忍心杀掉司马文思，只是将他贬为平民。
刘裕不悦，认为司马休之没把他放眼里。他寻机报复，抓了司马休之的次子和侄子，安了个罪名杀掉他们。
司马休之悲愤交加，决意造反。他上书朝廷宣布讨伐奸臣。
司马休之称，当年桓玄作乱，刘裕首举义旗立下大功。但现在刘裕已经变成第二个桓玄，剪除异己，滥杀无辜，目无皇上，意图篡位。
雍州刺史鲁宗之也担心刘裕剪除异己，起兵响应司马休之。
刘裕派兵讨伐叛军。鲁宗之的儿子鲁轨很能打，连战连胜，让刘裕派去的将军纷纷折戟在他据守的江陵城下。刘裕无奈只得亲率大军前去平叛。
司马休之和鲁宗之不惜向后秦投降，求后秦出兵增援。姚兴立即派来八千骑兵。
青州刺史刘敬宣的参军司马道赐杀了刘敬宣，举兵响应司马休之。
刘裕发现事态严重，急挥大军猛攻江陵，一度想亲自率队冲锋。战斗进行得非常激烈。最终刘裕依靠部将的冒死冲锋击败了叛军。司马休之等人逃往后秦。
后秦骑兵到达南阳，救下司马休之等人。司马道赐也投奔后秦而去。
这场内乱非常危险。如果后秦援军在刘裕攻克江陵之前赶到，东晋的半壁江山恐怕就不复存在。
刘裕早想灭了后秦。如果不是卢循作乱，刘裕在灭了南燕之后就直接杀入后秦。如今后秦出兵援助司马休之等人更刘裕必欲除之而后快。
416年，姚兴吃五石散中毒，病重而死。太子姚泓灵前即位。姚兴的儿子们起兵作乱，争夺皇位。后秦国内大乱。
刘裕立即起兵北伐去打后秦。
当时各地胡人纷纷反叛后秦，赫连勃勃已经杀到关中，姚泓的兄弟们起兵作乱，姚泓被搞得焦头烂额。当姚泓听到晋军又打过来了，绝望得坐在朝堂之上面对群臣失声大哭。
刘裕首先北上收复了洛阳，一路基本没遇到什么抵抗。后秦守将大多望风而降。有的试图抵抗也被很快拿下。
北魏见晋军一路向北杀来，派兵加强戒备。北魏皇帝拓跋嗣派人问刘裕你们干嘛来了？刘裕说我们是去打后秦，跟你们没关系。拓跋嗣仍不放心，派兵戒备。
刘裕率军沿黄河水路并进杀向关中。北魏的三万骑兵在黄河北岸与晋军如影相随，监视晋军的行动。一旦晋军的船漂到北岸就会遭到他们的攻击。
刘裕不胜其烦，派三千军上岸邀战。偷鸡摸狗算什么本事？有种过来比划比划。
这三千军以战车为城摆开阵势。魏军一看就这么点人，认为这是送上门的肥肉不吃白不吃，蜂拥而上。晋军以强弩射杀魏军。他们配备了用长矛做箭的超大型弓箭，力道大，射程远，一箭射出去能把敌人串了糖葫芦。魏军头一回见到威力如此之大的弓箭，吓得抱头鼠窜。魏军此后再不敢靠近晋军。
拓跋嗣曾想出兵南下乘虚进攻建康。他的老师拦住他，说：咱们有精兵无良将，不是刘裕的对手。不如静观其变，以免引火烧身。
刘裕率领晋军连克荥阳、武关等要塞到达潼关。
姚泓重兵把守潼关。刘裕攻城不下，另派一支军从上洛（陕西商洛）杀进关内。姚泓见晋军杀到，亲自率军迎战，结果被杀得大败。
潼关腹背受敌被刘裕攻破。晋军水路并进杀往长安。
晋军先锋王镇恶率领水军乘蒙冲船沿渭水直插长安。蒙冲船就是用生牛皮做船篷将船全部罩住的快船，类似于现在的装甲运兵船。两岸秦军没见过这种船，以为怪物，不知道该怎么攻击。晋军舰队一直杀到长安。
晋军上岸后，王镇恶让船顺水漂走。他告诉大家：现在只有两个选择，胜则建功立业，败则尸骨无存。