桓玄等人就坡下驴，收兵回营。
朝廷对这些叛将百般妥协。叛将没了约束开始争权夺利抢地盘，自己干了起来。桓玄最后胜出，灭了殷仲堪和杨佺期成为独霸一方的大军阀。
在东晋内乱期间，后秦姚兴趁机攻占了洛阳。南燕慕容德攻占了青州，在青州称帝。
司马道子在叛将撤军后认为危机解除，又开始沉迷酒色，将朝政交给儿子司马元显打理。
司马道子“日饮醇酒，而委事于元显”。司马元显被天天喝酒泡妞的父亲任命为侍中管理国家大事，成为朝廷事实上的一把手。
年纪轻轻就成了百官之首。这让司马元显很快自我膨胀起来。周围人都奉承他、巴结他，让他更加骄纵狂妄。他要求公卿以下官员见到他都必须大礼参拜，把同僚视为下属、奴仆，目中无人。他说什么是什么，谁敢反对他就办谁。“元显性苛刻，生杀任意”。看谁不顺眼就杀了谁。
他另外一个毛病是贪，搁现在叫贪污腐败。
据史料记载：“国用虚竭，自司徒已下，日廪七升，而元显聚敛不已，富过帝室”。意思是说，当时国家穷得连官员的工资都发不出来，宰相以下官员每天只领七升米。而元显仍然在不停地捞钱，家里的钱比皇宫还多。
跟元显同时代的大诗人陶渊明写过一首诗“不为五斗米折腰”。他在司马元显死后出任县令，月薪五斗米。一斗是十升。五斗米的月薪折合日薪不到两升米，糊口都难。可以想象当时的国家已经到了揭不开锅的地步了。
国家之所以这么穷主要是因为用兵太多。用兵不是对付外患而是对付内乱。内乱既包括封疆大吏的造反也包括普通老百姓的造反。
司马元显为了增加实力跟封疆大吏抗衡，决定扩军。他下令让“免奴为客者”服兵役。
所谓“免奴为客者”就是以前是奴隶身份，不管是官奴还是私奴，但后来因为大赦或者主家开恩等原因免去了奴隶身份而成为佃客。佃客是有一定的自主权但跟主家保持着一定的从属关系的人，类似于后来地主家的长工。
司马元显让“免奴为客者”充军，无论是客本人还是他们的主人都不乐意。“东土嚣然苦之”。东部地区的百姓深感痛苦，骚动起来。
“孙恩因民心骚动，自海岛帅其党杀上虞令，遂攻会稽”。
这个孙恩是什么人呢？他叔叔是五斗米道教主孙泰。五斗米道在教主张鲁投降曹操之后教主传承不详。只知道孙泰的前任叫杜子恭。杜子恭废除了入教交纳五斗米报名费的规定，所以五斗米道更名天师道。
孙泰的理想是像先辈张鲁那样建立一个天师道的政权。他跟侄子孙恩、妹夫卢循密谋，召集南方教众准备造反。但是司马元显提前得到了消息，派兵把孙泰抓来杀了。孙恩跑了，带着一些教众躲到海岛（舟山群岛）上。
孙恩是不是接了教主之位不得而知，但他是做了海盗，被称为海盗的鼻祖。
司马元显让“免奴为客者”到建康充军引起社会骚动。一直伺机复仇是孙恩认为机会来了，带着他的党羽从海岛上杀了回来。他攻下上虞县（浙江上虞），杀了县令，然后攻打会稽郡。一边打他一边扩充军队。
会稽郡的长官是书圣王羲之的儿子。他也信奉天师道。他不知道是有意放水还是迷信透顶，拒绝派兵抵抗，说自己已经请来了天兵天将守住城池。但他的天兵天将不好使，不仅没保住城池也没保住他的脑袋。
孙恩占了会稽郡。周边八郡都有人起兵响应他。这些响应他的人是不是天师道教众不得而知。总之在十天之内，孙恩聚集了几十万人。规模不亚于当年的黄巾之乱。
黄巾之乱也是依靠宗教起事。发起人张角也是道教的教主。只不过张角属于太平道。孙恩属于天师道。两者各是道教的一个分支。太平道盛行于北方。天师道盛行于南方。
孙恩起事之后都做了些什么呢？史书有如下记载：“民有不与之同者，戮及婴孩，死者什七、八。醢诸县令以食其妻子，不肯食者，辄支解之。所过掠财物，烧邑屋，焚仓廪，刊木，堙井，相帅聚于会稽，妇人有婴儿不能去者，投于水中，曰：‘贺汝先登仙堂，我当寻后就汝。’恩表会稽王道子及世子元显之罪，请诛之。”
首先他扩军对象既有信徒也有普通老百姓。他那几十万人里有自愿加入的，也有被强征入伍的。你不肯跟我一起造反我就杀了你们全家，连婴孩也不放过。被他控制住的百姓十之七八被杀了。另外十之二三大概是从了他的。他杀了县令之后把县令剁成肉泥，然后逼县令的老婆孩子吃掉。谁不肯吃就杀了谁，并且碎尸万段。他所过之处实行“三光政策”抢光烧光杀光（十之七八），连水井都给人家填了。他占据会稽以后，各地信徒开始往会稽会聚。有婴儿拖累的女信徒为了追随孙恩，她们竟然把自己的骨肉扔进河里，还说什么祝贺你先进入仙堂，我以后去找你。孙恩在会稽给朝廷上书，揭露司马道子和司马元显的罪恶，请求皇帝杀掉他们。