可以说，傅斯年很早就萌生了用科学方法来研究中国学问的念头，他在北大上学时就说过：“把我中国已往的学术、政治、社会等等做材料，研究出些有系统的事物来，不特有益于中国学问界，或者有补于‘世界的’科学。中国是个很长的历史文化的民族，所以中华国故在“世界的”人类学、考古学、社会学、言语学等等的材料上，占个重要的部分。……研究国故必须用科学的主义和方法，决不是‘抱残守缺’的人所能办到的。”
傅斯年前往英国伦敦大学大学院留学。他自述留学动机和计划是：“我将来要专那门科学，现在还不会定。但以心理学为心理的、社会的科学之根源，我至少以三年的工服去研究它。在研究它以先，去研究动物学、生理学、数学。如此迂远，成功上实在讲不定。但我宁可弄成一个大没结果，也不苟且就于一个假结果。
研究傅斯年的思想，能够看出：他在英国求学的“主要目标是一方面摒弃代表着中国思维方式的模棱两可、过于笼统和形而上学的思维方式，同时运用一些实验的、观察的和数理分析的方法探求人类思想的深层”。
傅斯年这种畏的、不功利的探求，不仅仅在于他对科学的信奉，更在于早早就抱定了这样的宗旨，即“中生有的去替中国造有组织的社会，是青年的第一事业”。
他后来曾经有过这样的自我评价：“病中想来，我之性格，虽有长有短，而实在是一个爱国之人，虽也不免好名，然总比别人好名少多矣。心地十分淡泊，欢喜田园舒服。在太平之世，必可以学问见长，若为政府prst，也还如是，惜乎其不然也。……我本心不满于政治社会，又看不出好路线之故，而思进入学问，偏又不能忘此生民，于是在此门里门外跑去跑来，至于咆哮，出也出不远，进也住不久，此其所以一事成也。今遭此病，事实上不能容我再这样，只好从此以著书为业，所可惜者，病中能著书几何，大是问题耳。”
在寻找到“科学”的史学研究方法过程中，傅斯年在如何看待中国古史问题上，是经历过一个过程的。
在北大求学期间，傅斯年曾著文认为：“周平王东迁以前，世所谓唐虞三代，此时期中，虽政治不变化，而其详不可得闻，既编年之史（《竹书纪年不足信），又多传疑之说（夏殷论，即如两周之文王受命，周公居东，厉王失国诸事，异说纷歧，所难折衷）。惟有比而同之，以为“传疑时代”。盖平王以降，始有信史可言也。“
以周平王以降为中国信史的开端，这种观点不可谓不激进，但也恰好凸显五四时代的社会风尚。对于信史之前的神话传说，傅斯年的判断是：“就中国论，古来一切称帝之神王皆是宗神（tribags），每一部落有其特殊之宗神，因部落之混合，成为宗神之混合，后来复以大一统思想之发达，成为普遍的混合。《尧典所载尧廷中诸人，……其来源皆是宗神，即部落之崇拜。后来或置之于一堂，或列之于多系，其混合方式要不出于战伐的，文化的，思想的。两民族或两部落攻战之后，一败一胜，征服人者之宗神固易为被征服者所采用，有时被征服者之宗神，亦可为征服人者所采用。文化高者之宗神固可为文化低者因文化接触而采用，有时亦可相反，本非一系一族之部落，各有其宗神，后来奉大一统思想者，亦可强为安置，使成亲属。此等实例累百累千，世界各地之古史皆有之，不以中国为限矣。”
在欧洲七年间，傅斯年的学习和生活状态给人以“杂乱、颓放”之印象，但这种散漫的治学方式却令他最终成长为一个中国现代学术的设计师。在他的留学后期，傅斯年对于中国古史已有了新的认识。在他给顾颉刚的论古史书中，我们可以读到他的以下看法：“三百［年］中所谓汉学之一路，实在含括两种学问：一是语文学；二是史学、文籍考订学。这两之外，也更没有什么更大的东西，偶然冒充有之，也每是些荒谬物事，如今文家经世之论等。”
他同时又对古史中的具体问题发表了看法：“禹、舜、尧、伏羲、黄帝等等名词的真正来源，我想还是出于民间。除黄帝是秦俗之神外，如尧，我拟是唐国（晋）民间的一个传说。舜，我拟是中国之虞或陈或荆蛮之吴民间的一个传说。尧、舜或即此等地方之君（在一时）。颛顼为秦之传说，喾为楚之传说，或即其图腾。帝是仿例以加之词（始只有上帝但言帝），尧、舜都是绰号。其始以民族不同方域隔膜而各称其神与传说；其后以互相流通而传说出于本境，迁土则变，变则各种之装饰出焉。”
在《语言历史研究所周刊发刊词中，傅斯年第一次吐露了他对未来的心声：“现在国立第一中山大学设立语言历史学研究所，给予我们以研究工作，我们对于这个机关抱有很大的希望。我们要打破以前学术界上的一切偶像，屏除以前学术界上的一切成见！我们要实地搜罗材料，到民众中寻方言，到古文化的遗址去发掘，到各种的人间社会去采风问俗，建设许多的新学问！”