孙承宗说：“互相配合是在战时，而在平时就需要互相监督乃至于互相防范。我们成立的这七大军区都必须分为两个部分，一部分主守守在城里，一切军械、粮食、衣被等军需品都必须由守城方控制住，任何人没有军务院的同意不得擅自取用。守军的主要任务就是不断加固城防，有条件还要在城外多设堡垒多备守城枪炮等器械，就这么说吧，守军心目中的最大敌人不是别人，而是战争时应该互相配合的自己方的进攻军队。”
天启问：“这是为何？平时互相为假想敌战争时如何配合默契？”
孙承宗说：“这也是没办法的事，而且这两部分不但要互为假想敌，平时还不得私下有任何联系，就算进攻一方需要从城中调运补给，也必须经专人从第三地转手交付。负责进攻的军队平时就住营帐里，算是纯粹的野战军队，他们与负责防守的军队要有一定的距离。进攻军队发现防守军队出了城就要报告，防守军队发现进攻军队接近城池也要报告，这就是互相监督防止有人起异心，他们互相防范我们才安心，他们一团和气了朝廷可就担心了。”
天启想了想说：“兵力强的没多余的武器粮食，有武器粮食的兵力不强，这也算是防止内部有人作乱的好办法，大明这么大外敌要想将大明灭了不容易，但只要出一两个内鬼那可就真要命。互相监督就这么办，那第三个分其权力又是怎么个说法？”
孙承宗说：“汉唐末期的军阀都是管军又管民，而且是一个人说了算不服从中央，或者表面上服从但实际上不把中央当回事。我们的想法是每个军区都得有个军务院的人主管也就是当这个军区的督军，督军不离开北京只在军务院里指挥。重要事务上必须要所有人同意督军才能发布命令，紧急情况下督军可以对自己管辖军区发布命令但得尽快让所有人知情，这样一来就保证军区的督军不会成为割据一方的军阀。”
见天启点头孙承宗继续道：“督军在北京指挥多有不便必须有个总兵负责，开始说了要攻守分工，专门负责防守的军队归地方上的总督监督领兵总兵指挥。为了跟地方上负责防守的总兵区分开，负责进攻的野战军总兵我们称其为大总兵，大总兵主要想的是如何进攻打胜仗，平时只听军务院督军的直接命令，地方事务不干涉不联系。除了督军和大总兵还有直接监督的御史监军，人选就让军政处那些人去，一旦发生战争还可以让军参处那些人去当御史参谋。”
天启想了想说：“督军代表军务院发布命令，御史监军在军区里近距离监督大总兵防止他不听命令，当然关键时刻为了不贻误战机可以允许其先行动后汇报或者边行动边汇报，这样一来既可以灵活用兵又可以牢牢控制。这已经是第三点了，第四点轮流互换又是怎么一说？难道是几个军区的人隔一段时间互相换一下地方？”
孙承宗说：“正是这样，地方上的县令都是三年一换且不许在家乡做官，其原因就是制度是死的人是活的，再严密的制度都会有漏洞。与其挖空心思去把本身很严的制度做得再严一些，还不如让官员换地方方便，换一个地方人地生疏就算他想做点坏事也得适应一段时间，过三年就换走地方上的势力也不愿意在他身上作长期的大投资，就算到后来他们终于勾结到一起沆瀣一气做坏事，其后果也有限不会出现巨贪大贪，巨贪大贪都是因为官员在一地呆得太久了。”
天启问：“地方上是这样难道军队里也是这样？”
孙承宗说：“都一样，一个主官在军队里呆久了手下将士就不知道朝廷只知道领兵将领，甚至别人还会把朝廷的军队看成领兵将领的私兵。南宋时岳飞的军队人称岳家军，本朝戚继光的军队人称戚家军，朝廷的军队都成了他们的私兵，就这一点岳飞被杀戚继光被冷遇也不奇怪，任何皇帝都不喜欢自己的院子里长杂草，臣想皇上肯定也不会喜欢大明再出现一支名叫刘家军或者赵家军之类的军队吧？”
天启说：“这个朕确实不愿意，那就还是换一换比较好。”
孙承宗说：“不但是督军和大总兵，连御史监军也必须随时换地方和换监督的对象，防人之心不可是一个，有些人脾气性格合不来也是一个考虑，监军和大总兵之间配合不好就换人，不能够因为个人原因坏了朝廷的大事。”