“为什么你要与大家为敌？”
直人：“我不是与你们为敌，我是与这个世界为敌，你太高看自己了。”
······
佩恩之战结束，忍界各地纷纷来人重新建造新的木叶隐村。
直人在路上偶遇旧人，原来是当年雨隐村内接受他恩情的兄弟二人中最小的弟弟——太郎。太郎言自己兄长当日离开时得到一份信件要交由直人，可从此之后便未见过，直人陷入迷茫，他从未得到过来自幸和的信件。
那份信件便是当年鸠助送给直人，可是幸和被木叶间谍朝香所杀，信件不知去向。为找到信件直人来到雨隐村，找到九尾之夜逃出监狱的千夏，由她从覆灭的根部结界进入木叶隐村，终于在曾经的根部基地内找到。
这封尘封多年的信件被找到，直人得知自己乃晓组织成员，更是晓最后的首领。一切迷茫从此烟消云散，直人返回雨隐村拯救小南，可最终来迟。
小南身受重伤即将去世，长门的轮回眼被带土夺走，雨隐村从未消散的乌云细雨消失，天空中洒落阳光。
雨隐村外的湖面上，直人抱着小南，将自己的脸颊贴在小南额头轻声细语道：“我回来了，抱歉这么晚才回来。”
“该抱歉的应该是我们，我们的路到了尽头，剩下的路要摆脱你了。抱歉，将这样一个晓交给你，是我们弄的一团乱，抱歉······”
小南躺在直人怀中去世，一张白纸被鲜血浸透，飞舞着飘荡在空中，不知飘荡多久，最后落在一件芦苇丛中的破败小屋，将一块绘有青蛙图案的木牌遮掩住。
安葬小南，直人前往川之国邪神教祭坛，开始与赐予他不死之身的邪神做最后的了结，关键时刻六道仙人出现·····
《最终章大纲：最后的晓成员，迟迟归来的晓》
第四次忍界大战开始，带土向五大国宣战，五大国耗尽全力抵挡住十万白绝加上秽土大军，最终开始决战。
此时直人身穿晓组织的祥云黑袍出现，额头上佩戴雨隐村护额。最后的晓成员登场，这次他是站在忍界众人一侧，以晓的名义开始世界的和平。
曾经的天魔在世成为捍卫世界的英雄，第四次忍界大战结束，直人一人返回雨之国开始最开始所做的事情。救济难民、剿灭盗贼山匪，千夏接替小南成为雨隐村首领。
在雨之国帮助村民时，直人遇见一位使用灼遁的少女，少女名叫介川纱······